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万見
- PDB-4xkr: Crystal structure of NikA from Staphylococcus aureus in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xkr
タイトルCrystal structure of NikA from Staphylococcus aureus in complex with Ni-(L-His)(2-methyl-thiazolidine dicarboxylate) (co-crystallization with Ni(II) and CDdeltaHis medium supernatant)
要素Nickel ABC transporter substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein / Nickel import / ABC-type importer
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll ...Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-41K / HISTIDINE / NICKEL (II) ION / Nickel-binding protein NikA / :
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus USA300-ISMMS1 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lebrette, H. / Cavazza, C.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2015
タイトル: Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
著者: Lebrette, H. / Borezee-Durant, E. / Martin, L. / Richaud, P. / Boeri Erba, E. / Cavazza, C.
履歴
登録2015年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,87024
ポリマ－53,5451
非ポリマー2,32523
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.803, 67.373, 115.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nickel ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 53545.285 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-491 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus USA300-ISMMS1 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: AZ30_01190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W6DY02, UniProt: Q2G2P5*PLUS

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非ポリマー , 7種, 546分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-Nα,3-ジカチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#4: 化合物 ChemComp-41K / (2R,4R)-2-methyl-1,3-thiazolidine-2,4-dicarboxylic acid


分子量: 191.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO4S
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 % / 解説: plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 27% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0 - protein pre-incubated with NiCl2 and CDdeltaHis medium supernatant.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.54 Å / Num. obs: 47766 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / Rsym value: 0.616 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OFJ

4ofj


解像度: 1.75→45.543 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 2388 5 %Random selection
Rwork0.1716 ---
obs0.1732 47756 96.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.543 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 148 523 4375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1255343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3771561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.78570.23761390.22312632X-RAY DIFFRACTION96
1.7857-1.82460.25421380.22722625X-RAY DIFFRACTION96
1.8246-1.8670.23871370.21942600X-RAY DIFFRACTION96
1.867-1.91370.25821360.20022583X-RAY DIFFRACTION95
1.9137-1.96550.23171380.18872629X-RAY DIFFRACTION97
1.9655-2.02330.21141410.17282676X-RAY DIFFRACTION97
2.0233-2.08860.17651390.16732636X-RAY DIFFRACTION97
2.0886-2.16320.21061410.16542670X-RAY DIFFRACTION97
2.1632-2.24990.19111380.1662632X-RAY DIFFRACTION96
2.2499-2.35220.22691400.16892660X-RAY DIFFRACTION97
2.3522-2.47630.22011420.17052700X-RAY DIFFRACTION98
2.4763-2.63140.20291410.16572671X-RAY DIFFRACTION97
2.6314-2.83450.21061420.16862700X-RAY DIFFRACTION97
2.8345-3.11970.1991420.16562690X-RAY DIFFRACTION97
3.1197-3.5710.19651430.15772726X-RAY DIFFRACTION98
3.571-4.49840.16661420.14732717X-RAY DIFFRACTION96
4.4984-45.55880.19671490.18782821X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4504-0.1603-0.10110.92880.30070.6798-0.0209-0.0003-0.04790.013-0.00880.05710.0207-0.0236-0.00030.08820.00210.01740.10110.00570.101742.789243.068611.6063
20.6494-0.21580.12320.6305-0.090.7103-0.0889-0.09130.0140.23830.0672-0.0084-0.02930.0933-0.04790.10370.0136-0.01270.1221-0.00660.074748.222357.469128.9519
30.1268-0.1214-0.06910.52780.03290.5277-0.03480.08730.1008-0.0166-0.014-0.0312-0.08820.03610.01020.0971-0.0201-0.01020.08540.00460.124538.506675.41927.2556
40.21740.166-0.03770.65730.3490.7470.00270.01360.2335-0.36830.1019-0.0627-0.16020.06770.2150.1945-0.02110.00220.1390.03880.1935.838281.65251.2043
50.2809-0.0111-0.17590.15460.20570.50020.0043-0.07340.06070.17860.02540.0554-0.0669-0.07690.00350.1142-0.0056-0.00460.1046-0.00690.121330.79276.072316.5743
60.4586-0.2343-0.11080.7788-0.00850.3067-0.01210.05320.0078-0.0622-0.0046-0.0546-0.02770.0240.00150.0871-0.00870.00380.106-0.00670.097542.569560.92675.5522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 145 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 146 through 230 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 280 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 281 through 314 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 315 through 365 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 366 through 472 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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