PDB-4xc7: Isobutyryl-CoA mutase fused with bound butyryl-CoA and without co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xc7

タイトル

Isobutyryl-CoA mutase fused with bound butyryl-CoA and without cobalamin or GDP (apo-IcmF)

要素

Isobutyryl-CoA mutase fused

キーワード

ISOMERASE / Radical enzyme / complex / G-protein chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

isobutyryl-CoA mutase / pivalyl-CoA mutase activity / isobutyryl-CoA mutase activity / methylmalonyl-CoA mutase activity / acyl-CoA metabolic process / cobalamin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia metallidurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Jost, M. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Visualization of a radical B12 enzyme with its G-protein chaperone.
著者: Jost, M. / Cracan, V. / Hubbard, P.A. / Banerjee, R. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2014年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xc7.cif.gz	826.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xc7.ent.gz	688.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xc7_validation.pdf.gz	899.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xc7_full_validation.pdf.gz	915.5 KB	表示
XML形式データ	4xc7_validation.xml.gz	69.8 KB	表示
CIF形式データ	4xc7_validation.cif.gz	92.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xc6SC 4xc8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cjw-d 4xc6-d 4xc8-d 4gsl-d 5n94-d 3fhl-d 5n96-d 5cju-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isobutyryl-CoA mutase fused

B: Isobutyryl-CoA mutase fused

ヘテロ分子

248 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	318.180, 318.180, 344.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 27:36 or resseq 41:47 or resseq 49:107 or resseq 109:112 or resseq 121:206)
2	1	1	chain B and (resseq 27:36 or resseq 41:47 or resseq 49:107 or resseq 109:112 or resseq 121:206)
1	1	2	(chain A and (resseq 210:213 or resseq 217:229 or resseq...
2	1	2	(chain B and (resseq 210:213 or resseq 217:229 or resseq...
1	1	3	chain A and (resseq 442:447 or resseq 449:460 or resseq...
2	1	3	chain B and (resseq 442:447 or resseq 449:460 or resseq...
1	1	4	chain A and (resseq 603:607 or resseq 620:621 or resseq...
2	1	4	chain B and (resseq 603:607 or resseq 620:621 or resseq...
1	1	5	chain A and (resseq 776:779 or resseq 781:797 or resseq...
2	1	5	chain B and (resseq 776:779 or resseq 781:797 or resseq...

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Isobutyryl-CoA mutase fused 分子量: 122927.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: IcmF is misannotated as sbm in the genome of Cupriavidus metallidurans. 由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (strain CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839) (バクテリア) 株: CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839 / 遺伝子: sbm, Rmet_0210 / プラスミド: pET28a 詳細 (発現宿主): gene inserted at NdeI and BamHI sites, N-terminal hexahistidine tag 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1LRY0, isobutyryl-CoA mutase
#2: 化合物	ChemComp-BCO / Butyryl Coenzyme A / S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} butanethioate (non-preferred name) / S-ブチリル補酵素A 分子量: 837.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: precipitant: 700 - 750 mM sodium potassium tartrate, 100 mM tris pH 8.5 protein in 50 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 8, 10 mM butyryl-CoA, mixed with precipitant 1 uL + 1 uL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→100 Å / Num. obs: 84003 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 10.4 % / R_sym value: 0.19 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 3.45→3.54 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 55.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1760)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XC6

4xc6

解像度: 3.45→91.851 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2034	4216	5.02 %	retained from related holo-IcmF/GDP set
R_work	0.1864	-	-	-
obs	0.1873	83942	95.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→91.851 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16079	0	100	0	16179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	16463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.557	22321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.221	5971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	2501
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2958

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1236	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1236	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
2	1	A	1140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	1140	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
3	1	A	925	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	925	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
4	1	A	1385	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	1385	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
5	1	A	1494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	1494	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.45-3.4892	0.3026	66	0.2495	1392	X-RAY DIFFRACTION	50
3.4892-3.5303	0.2478	64	0.2749	1623	X-RAY DIFFRACTION	59
3.5303-3.5733	0.2971	106	0.2727	1938	X-RAY DIFFRACTION	70
3.5733-3.6186	0.3414	134	0.2736	2559	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6186-3.6662	0.2652	142	0.2617	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6662-3.7164	0.2568	141	0.2596	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7164-3.7695	0.2694	155	0.2499	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7695-3.8258	0.2261	135	0.2431	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8258-3.8855	0.2793	154	0.234	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8855-3.9492	0.2621	151	0.2277	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9492-4.0173	0.2369	139	0.217	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0173-4.0904	0.2518	152	0.2154	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0904-4.1691	0.2028	139	0.1999	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1691-4.2542	0.1704	153	0.1817	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2542-4.3467	0.2201	168	0.1735	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3467-4.4478	0.1805	134	0.1657	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4478-4.559	0.1821	149	0.1526	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.559-4.6823	0.1378	155	0.1572	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6823-4.82	0.1772	156	0.1544	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-4.9756	0.1753	138	0.1578	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9756-5.1534	0.1725	147	0.17	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1534-5.3597	0.225	134	0.1884	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3597-5.6036	0.2315	146	0.1923	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6036-5.899	0.2291	159	0.1999	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
5.899-6.2685	0.2126	154	0.2049	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2685-6.7524	0.2022	156	0.1855	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7524-7.4316	0.2067	149	0.1711	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4316-8.5064	0.1523	148	0.1431	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5064-10.7145	0.1466	151	0.1258	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
10.7145-91.8832	0.2012	141	0.1964	2910	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3587	0.0493	0.8213	0.2892	-0.0368	0.5062	-0.0676	0.331	0.1699	-0.0509	0.0664	-0.0338	-0.059	0.1542	0.0113	0.6196	-0.1243	0.018	1.0557	-0.0134	0.8527	-202.9047	-90.8035	-8.5454
2	0.9941	0.3024	0.2229	0.9039	-0.111	1.2272	0.0428	-0.1533	0.0236	0.0889	-0.0525	-0.0268	-0.2133	-0.142	0.0103	0.7278	-0.0411	-0.0663	0.7255	0.0713	0.4957	-264.7698	-92.087	-33.6266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:1093 OR RESID 1101:1101 ) )	A	22 - 1093
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:1093 OR RESID 1101:1101 ) )	A	1101
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 22:1093 OR RESID 1101:1101 ) )	B	22 - 1093
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 22:1093 OR RESID 1101:1101 ) )	B	1101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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