+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x7g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CobK precorrin-6A reductase | ||||||
要素 | Precorrin-6A reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NADP binding | ||||||
機能・相同性 | precorrin-6A reductase / precorrin-6A reductase activity / Precorrin-6x reductase / Precorrin-6x reductase CbiJ/CobK / Precorrin-6x reductase domain profile. / cobalamin biosynthetic process / Chem-3Y8 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Precorrin-6A reductase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.22 Å | ||||||
データ登録者 | Gu, S. / Deery, E. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Crystal structure of CobK reveals strand-swapping between Rossmann-fold domains and molecular basis of the reduced precorrin product trap. 著者: Gu, S. / Sushko, O. / Deery, E. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4x7g.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4x7g.ent.gz | 50.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4x7g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7g | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26217.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア) 遺伝子: cobK, RCAP_rcc02043 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O68098, precorrin-6A reductase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-3Y8 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 18% w/v PEG 3350, 0.2 M NH4 Cl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→47.3 Å / Num. obs: 73880 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.09 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 16.254 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.22→47.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.719 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.163 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→47.29 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|