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- PDB-4x6t: M.tuberculosis betalactamase complexed with inhibitor EC19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6t
タイトルM.tuberculosis betalactamase complexed with inhibitor EC19
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / beta-lactamase / transition state inhibitor / structure based drug development / beta-lactams / boronates / penicillin binding protein. / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3Y6 / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hazra, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2015
タイトル: Inhibiting the beta-Lactamase of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) with Novel Boronic Acid Transition-State Inhibitors (BATSIs).
著者: Kurz, S.G. / Hazra, S. / Bethel, C.R. / Romagnoli, C. / Caselli, E. / Prati, F. / Blanchard, J.S. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3189
ポリマ－28,1291
非ポリマー1,1898
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.264, 71.417, 84.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Ambler class A beta-lactamase


分子量: 28128.639 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-307 / 変異: N186A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: blaC, blaA, Rv2068c, MTCY49.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WKD3, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-3Y6 / 3-[(2R)-2-(dihydroxyboranyl)-2-{[(2R)-2-{[(4-ethyl-2,3-dioxo-3,4-dihydropyrazin-1(2H)-yl)carbonyl]amino}-2-(4-hydroxyphenyl)acetyl]amino}ethyl]benzoic acid


分子量: 524.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25BN4O9
詳細: EC19 is a transition state analogue based on Boronate moiety.
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 2M NH4H2PO4 Protein concentration 12 mgs/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月20日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.5 Å / Num. obs: 50722 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 3.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HFX

4hfx


解像度: 1.4→38.5 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 2000 4.13 %
Rwork0.1663 --
obs0.1679 48394 91.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1974 0 73 263 2310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2832901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.174745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.43170.2691260.23632930X-RAY DIFFRACTION83
1.4317-1.47040.23091380.21893198X-RAY DIFFRACTION90
1.4704-1.51370.23381330.20123073X-RAY DIFFRACTION86
1.5137-1.56250.17491450.17583363X-RAY DIFFRACTION94
1.5625-1.61840.18171470.17043407X-RAY DIFFRACTION95
1.6184-1.68320.21451490.16383464X-RAY DIFFRACTION97
1.6832-1.75980.1971490.16633478X-RAY DIFFRACTION97
1.7598-1.85260.20411530.16063523X-RAY DIFFRACTION98
1.8526-1.96860.18291220.17122850X-RAY DIFFRACTION79
1.9686-2.12060.19791550.16373575X-RAY DIFFRACTION99
2.1206-2.3340.19531220.16492839X-RAY DIFFRACTION78
2.334-2.67170.22281570.17023643X-RAY DIFFRACTION100
2.6717-3.36570.20141580.17193680X-RAY DIFFRACTION100
3.3657-38.54180.19461460.14883371X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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