PDB-4x21: The MAP kinase JNK3 as target for halogen bonding

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x21

タイトル

The MAP kinase JNK3 as target for halogen bonding

要素

Mitogen-activated protein kinase 10

キーワード

TRANSFERASE / MAPK / halogen bond complex

機能・相同性

機能・相同性情報

JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Lange, A. / Buettner, F.M. / Guenther, M.B. / Zimmermann, M.O. / Hennig, S. / Laufer, S.A. / Stehle, T. / Boeckler, F.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Targeting the Gatekeeper MET146 of C-Jun N-Terminal Kinase 3 Induces a Bivalent Halogen/Chalcogen Bond.
著者: Lange, A. / Gunther, M. / Buttner, F.M. / Zimmermann, M.O. / Heidrich, J. / Hennig, S. / Zahn, S. / Schall, C. / Sievers-Engler, A. / Ansideri, F. / Koch, P. / Laemmerhofer, M. / Stehle, T. / ...

履歴

登録	2014年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月2日	Group: Database references
改定 2.0	2020年6月3日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x21.cif.gz	280.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x21.ent.gz	225.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4x21_validation.pdf.gz	992.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x21_full_validation.pdf.gz	1010.6 KB	表示
XML形式データ	4x21_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	4x21_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/4x21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/4x21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p33S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4h3b-1 2ok1-d 3pze-d 7ksi-d 3cgf-d 3v6r-1 6emh-1 6emh-2 3da6-d 2exc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 10

B: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.940, 109.840, 43.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated ...MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3 分子量: 42260.855 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 39-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-3WH / N-ethyl-4-{[4-(1H-indol-3-yl)-5-iodopyrimidin-2-yl]amino}piperidine-1-carboxamide 分子量: 490.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₀H₂₃IN₆O
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: HEPES, sodium chloride, magnesium chloride, beta-mercaptoethanol ethylene glycole, zwittergent 3-14, AMP-PCP Bis-Tris, sodium chloride, PEG 3350, glycerole PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 56051 / Num. obs: 56051 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 33.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 14.35
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 1.226 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P33

2p33

解像度: 1.95→46.984 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2235	2803	5 %	Random selection
R_work	0.1998	-	-	-
obs	0.201	56049	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5195	0	58	342	5595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.241	7321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.615	1937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	926

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9499-1.9836	0.3098	138	0.2766	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9836-2.0196	0.29	137	0.2573	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0196-2.0585	0.2733	138	0.247	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0585-2.1005	0.2589	140	0.2421	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1005-2.1462	0.2702	136	0.2264	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1462-2.1961	0.2577	141	0.2116	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1961-2.251	0.228	136	0.217	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.251-2.3119	0.2686	140	0.2166	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3119-2.3799	0.2558	137	0.2117	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3799-2.4567	0.2304	140	0.2046	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4567-2.5445	0.2597	138	0.2055	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5445-2.6464	0.2339	139	0.204	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6464-2.7668	0.2392	141	0.2024	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7668-2.9126	0.2278	140	0.2062	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9126-3.0951	0.2369	140	0.2098	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0951-3.334	0.2383	140	0.1961	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.334-3.6694	0.1926	143	0.1845	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6694-4.2001	0.1941	141	0.1696	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2001-5.2905	0.1581	145	0.1623	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2905-46.9981	0.2307	153	0.2105	2897	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9448	1.0814	0.6047	3.3749	-0.5321	3.1692	-0.0697	-0.0468	0.1464	0.2494	-0.0738	-0.108	-0.0481	-0.1666	0.1384	0.3482	0.0198	0.0367	0.2788	-0.0205	0.1927	12.839	42.7463	80.9679
2	0.5586	0.3851	-1.1374	1.0348	-0.8187	2.2833	-0.164	-0.0685	0.1552	-0.0973	-0.0242	0.0079	0.0915	0.0123	0.1309	0.325	0.0146	-0.0176	0.3895	-0.0237	0.2945	17.4427	45.6987	68.7377
3	0.6863	0.1192	-0.27	1.4618	1.1166	1.7927	0.046	-0.064	0.0198	0.1318	-0.0665	0.0053	-0.0741	-0.0606	0.025	0.1767	-0.0083	-0.0058	0.1811	-0.0078	0.1504	14.4285	34.2079	63.3119
4	2.388	-0.5686	-0.1066	1.4664	0.3439	0.8602	0.0214	-0.1063	0.2742	0.1788	0.0452	-0.1642	-0.1417	0.146	-0.0855	0.2301	-0.0361	-0.0032	0.1962	-0.0333	0.1989	27.4436	28.571	55.4883
5	2.546	0.3826	-0.3178	2.4927	0.7619	1.9006	0.1952	-0.288	-0.2153	0.3168	0.0785	-0.6253	0.0862	0.4372	-0.2241	0.2276	-0.0223	-0.0523	0.2632	-0.0259	0.3141	35.8218	20.3333	58.1723
6	1.5632	0.4685	0.0026	2.005	0.0539	1.545	0.0042	0.0357	-0.1693	-0.1865	0.0618	-0.2953	-0.0231	0.15	-0.0473	0.1782	-0.003	0.0257	0.1722	-0.0461	0.146	26.7743	18.1952	48.1095
7	1.6152	1.5293	1.5833	2.1636	1.7475	2.2517	-0.2872	0.3966	0.2636	-0.3766	0.2647	0.1623	-0.4614	0.3716	-0.0179	0.3292	-0.0073	0.0679	0.3242	0.0453	0.325	16.5555	48.4736	58.0419
8	2.2689	-0.4453	1.3257	0.3501	-0.6533	1.3809	0.1026	-0.1573	-0.9878	-0.0955	0.2778	0.3397	0.3784	-0.2307	-0.3079	0.3738	-0.0433	-0.0529	0.4174	0.1098	0.6438	60.2976	26.5931	72.4414
9	1.8922	-0.4164	0.2971	1.4841	-0.71	1.1769	0.1036	-0.1333	-0.4633	0.0078	-0.0472	-0.0731	0.1424	-0.023	-0.0636	0.2025	-0.0328	-0.0088	0.2472	0.0043	0.2886	56.6816	40.5532	65.3938
10	3.1578	-0.0504	-1.2213	1.7828	-0.154	1.3319	0.006	0.3715	-0.0484	-0.1002	-0.0545	-0.0224	0.0118	-0.1124	0.0302	0.1975	-0.0086	-0.015	0.2391	-0.0055	0.1623	57.8893	56.7129	53.3777
11	4.9218	-3.3308	2.5734	1.9676	-1.7786	1.3211	-0.5052	-1.2768	0.0606	0.2072	0.5696	0.0579	0.0099	-0.547	-0.0919	0.3805	0.0689	0.0139	0.6023	0.0326	0.4187	56.9889	41.4776	77.4378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 46 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 205 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 206 through 258 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 259 through 279 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 280 through 362 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 363 through 400 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 47 through 130 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 131 through 241 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 242 through 355 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 356 through 400 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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