PDB-4x0t: Structure ALDH7A1 inactivated by 4-diethylaminobenzaldehyde and c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x0t

タイトル

Structure ALDH7A1 inactivated by 4-diethylaminobenzaldehyde and complexed with NAD+

要素

Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / OXIDOREDUCTASE / LYSINE CATABOLISM / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / Lysine catabolism / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Luo, M. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Diethylaminobenzaldehyde Is a Covalent, Irreversible Inactivator of ALDH7A1.
著者: Luo, M. / Gates, K.S. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2014年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x0t.cif.gz	758.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x0t.ent.gz	633.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x0t_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x0t_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4x0t_validation.xml.gz	70.5 KB	表示
CIF形式データ	4x0t_validation.cif.gz	94.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x0uC 2j6lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6o4c-1 6o4b-1 6v0z-2 4zuk-2 6o4e-1 6o4c-2 6o4f-1 6v0z-1 4pxn-1 6o4f-2 4zul-2 6o4b-2 6o4k-2 3620 771 3632 3630 2117 2108 2110 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

226 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.263, 160.263, 320.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-705- HOH

詳細

tetramer

#1: タンパク質	Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase / Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine ...Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine aldehyde dehydrogenase / Delta1-piperideine-6-carboxylate dehydrogenase / P6c dehydrogenase 分子量: 55620.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH7A1, ATQ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P49419, L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-3W9 / 4-(diethylamino)benzaldehyde / 4-(ジエチルアミノ)ベンズアルデヒド分子量: 177.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅NO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The reservoir contained 0.1 M magnesium formate dihydrate, 15% w/v PEG 3350 and 0.1 M Hepes. The enzyme stock solution included 3 mg/mL ALDH7A1, 200 micromolar 4-diethyaminobenzaldehyde and 5 mM NAD+. PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CMOS / 日付: 2014年8月22日 / 詳細: Taurus-1 detector
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→59.52 Å / Num. obs: 81067 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 1.063 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J6L

2j6l

解像度: 2.4→59.52 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	4068	5.02 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.183	81030	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→59.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15133	0	228	314	15675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	15694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.682	21386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.925	5710
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	2420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2758

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4004-2.4286	0.3057	136	0.2532	2470	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4286-2.4582	0.319	138	0.2499	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4582-2.4894	0.3381	147	0.2426	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4894-2.5221	0.3001	134	0.2419	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5221-2.5567	0.3059	128	0.2299	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5567-2.5932	0.3132	135	0.2253	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5932-2.6319	0.3006	147	0.2166	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6319-2.673	0.3131	143	0.221	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.673-2.7169	0.2894	142	0.2244	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7169-2.7637	0.2698	145	0.2198	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7637-2.814	0.2758	127	0.2103	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.814-2.8681	0.3106	126	0.2072	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8681-2.9266	0.2671	152	0.2166	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9266-2.9903	0.2773	127	0.209	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9903-3.0598	0.2853	116	0.1998	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0598-3.1363	0.2751	139	0.2103	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1363-3.2211	0.2775	163	0.2033	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2211-3.3159	0.2671	137	0.1969	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3159-3.4229	0.2373	126	0.1876	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4229-3.5452	0.2252	151	0.1841	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5452-3.6872	0.2185	129	0.1785	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6872-3.8549	0.2296	162	0.167	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8549-4.0581	0.2406	156	0.164	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0581-4.3123	0.1844	138	0.1481	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3123-4.6452	0.1733	124	0.1311	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6452-5.1124	0.1513	141	0.1303	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1124-5.8516	0.2134	146	0.1539	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8516-7.3703	0.2056	158	0.1596	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3703-59.5359	0.1365	155	0.1313	2852	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7187	-0.0739	0.0753	0.9489	0.0544	0.9115	-0.0295	-0.0152	0.1228	0.0816	0.0329	-0.0712	-0.2283	0.1165	-0.0041	0.2257	-0.0273	0.0006	0.179	0.0102	0.162	31.7416	57.3434	-20.2707
2	0.704	-0.1867	0.0545	1.0839	0.0603	0.9493	-0.0411	-0.0815	-0.1217	0.112	0.0165	0.0521	0.2465	0.1918	0.0263	0.2129	0.0504	0.0179	0.2597	0.0025	0.1747	44.0925	23.7864	-20.1484
3	0.618	-0.3162	-0.0192	1.0634	-0.4283	1.4364	0.1785	0.2577	-0.0997	-0.3298	-0.1419	0.1876	0.1126	-0.1803	-0.0362	0.3245	0.1021	-0.0499	0.3493	-0.0567	0.2091	22.745	45.2379	-60.1908
4	0.5639	-0.2106	-0.3498	1.022	-0.2383	1.1763	0.1416	0.0832	0.0247	-0.3724	-0.2979	-0.3283	0.1116	0.5402	0.1355	0.3694	0.1752	0.1043	0.5961	0.1168	0.3357	57.302	37.4875	-58.072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND NOT RESNAME NAD
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND NOT RESNAME NAD
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND NOT RESNAME NAD
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND NOT RESNAME NAD

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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