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万見
- PDB-4wpf: Crystal structure of RORc in complex with a phenyl sulfonamide agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wpf
タイトルCrystal structure of RORc in complex with a phenyl sulfonamide agonist
要素
  • Nuclear receptor ROR-gamma
  • RHKILHRLLQEGSPS
キーワードTRANSCRIPTION / ROR / RORc / RORg / nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3SN / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Wallweber, H.A. / de Leon Boenig, G. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Minor Structural Change to Tertiary Sulfonamide RORc Ligands Led to Opposite Mechanisms of Action.
著者: Rene, O. / Fauber, B.P. / de Leon Boenig, G. / Burton, B. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Gobbi, A. / Hymowitz, S.G. / Johnson, A.R. / Kiefer, J.R. / Liimatta, M. / Lockey, P. / Norman, M. ...著者: Rene, O. / Fauber, B.P. / de Leon Boenig, G. / Burton, B. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Gobbi, A. / Hymowitz, S.G. / Johnson, A.R. / Kiefer, J.R. / Liimatta, M. / Lockey, P. / Norman, M. / Ouyang, W. / Wallweber, H.A. / Wong, H.
履歴
登録2014年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: RHKILHRLLQEGSPS
D: Nuclear receptor ROR-gamma
E: RHKILHRLLQEGSPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2656
ポリマ－64,3744
非ポリマー8912
水4,792266
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: RHKILHRLLQEGSPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6333
ポリマ－32,1872
非ポリマー4461
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
2
D: Nuclear receptor ROR-gamma
E: RHKILHRLLQEGSPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6333
ポリマ－32,1872
非ポリマー4461
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.692, 61.692, 155.232
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 30825.486 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 262-509 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド RHKILHRLLQEGSPS


分子量: 1361.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-3SN / N-[4-(4-acetylpiperazin-1-yl)-2-fluorobenzyl]-N-cyclobutylbenzenesulfonamide


分子量: 445.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28FN3O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium formate, 0.1M Bis Tris propane (pH 6.5), and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.546
11K, H, -L20.454
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 28529 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 0.878 / Net I/av σ(I): 8.262 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 79558
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.242.30.75412120.65785.5
2.24-2.282.50.5814300.99795.3
2.28-2.322.70.60813710.66997.1
2.32-2.372.70.54414620.65297.1
2.37-2.422.70.45514200.66797.9
2.42-2.482.70.44614230.69898.1
2.48-2.542.70.43514290.72398
2.54-2.612.70.38814180.76498.1
2.61-2.692.70.32914600.75398.2
2.69-2.772.80.31914230.81898.1
2.77-2.872.70.2414520.8298.8
2.87-2.992.80.19814280.86598.1
2.99-3.122.80.17314370.96698.6
3.12-3.292.90.14314631.11998.7
3.29-3.492.90.10514481.13498.7
3.49-3.762.90.0814581.17799.2
3.76-4.1430.05714541.12399.2
4.14-4.7430.04914671.13599.2
4.74-5.9730.04614380.87798.4
5.97-403.20.02614360.7195

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.202→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 8.265 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2271 2201 10.3 %RANDOM
Rwork0.1749 19107 --
obs0.1802 41797 72.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.94 Å2 / Biso mean: 24.944 Å2 / Biso min: 14.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.29 Å20 Å20 Å2
2--3.29 Å20 Å2
3----6.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.202→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4215 0 62 266 4543
Biso mean--47.44 33.44 -
残基数----513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194390
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8341.9685921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76437277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2235514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.07623.056216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75115799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.741536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02932
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 13 -
Rwork0.21 104 -
all-117 -
obs--5.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96090.37270.13251.18960.46690.98070.05380.01060.01760.016-0.05090.0158-0.0508-0.0228-0.00290.02590.00890.00150.02490.01190.008410.350561.103310.947
23.7133.46180.261311.78613.854910.0743-0.22720.531-0.3909-0.48750.2891-0.73560.20770.5328-0.06180.1214-0.00350.06580.2637-0.02370.283227.593758.0542-0.7195
31.0658-0.4672-0.25391.30970.54791.0270.04420.0302-0.0393-0.051-0.04370.0410.0296-0.0397-0.00050.0286-0.0052-0.00260.02610.01110.0096-20.494831.45918.3756
42.4873-2.7631-0.72285.8094-1.50417.5066-0.1174-0.76310.11570.61170.366-0.7757-0.25820.5674-0.24860.2163-0.0333-0.07940.37980.0350.3514-3.202834.589320.0762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A243 - 488
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3D243 - 488
4X-RAY DIFFRACTION4E6 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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