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万見
- PDB-4whw: Direct photocapture of bromodomains using tropolone chemical probes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4whw
タイトルDirect photocapture of bromodomains using tropolone chemical probes
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / BROMO domain / BRD4 / inhibitor / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K8ac reader activity / histone H3K9ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription ...histone H4K8ac reader activity / histone H3K9ac reader activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / histone H3K27ac reader activity / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H4K12ac reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / histone H4K16ac reader activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3OT / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.345 Å
データ登録者Hett, E.C. / Piatnitski Chekler, E.L. / Basak, A. / Bonin, P.D. / Denny, R.A. / Flick, A.C. / Geoghegan, K.F. / Liu, S. / Pletcher, M.T. / Robinson, R.P. ...Hett, E.C. / Piatnitski Chekler, E.L. / Basak, A. / Bonin, P.D. / Denny, R.A. / Flick, A.C. / Geoghegan, K.F. / Liu, S. / Pletcher, M.T. / Robinson, R.P. / Sahasrabudhe, P. / Salter, S. / Stock, I.A. / Jones, L.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct photocapture of bromodomains using tropolone chemical probes
著者: Hett, E.C. / Piatnitski Chekler, E.L. / Basak, A. / Bonin, P.D. / Denny, R.A. / Flick, A.C. / Geoghegan, K.F. / Liu, S. / Pletcher, M.T. / Robinson, R.P. / Sahasrabudhe, P. / Salter, S. / ...著者: Hett, E.C. / Piatnitski Chekler, E.L. / Basak, A. / Bonin, P.D. / Denny, R.A. / Flick, A.C. / Geoghegan, K.F. / Liu, S. / Pletcher, M.T. / Robinson, R.P. / Sahasrabudhe, P. / Salter, S. / Stock, I.A. / Jones, L.H.
履歴
登録2014年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6313
ポリマ－15,0991
非ポリマー5322
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.830, 50.591, 57.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-3OT / 2-methoxy-4-{1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-2-(2-phenylethyl)-1H-benzimidazol-5-yl}cyclohepta-2,4,6-trien-1-one / 1-(2-(4-モルホリニル)エチル)-2-(2-フェニルエチル)-5-(1-オキソ-2-メトキシ-2,4,6-シクロ(以下略)


分子量: 469.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N3O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Screen using Hampton Research HT and Index kits

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.345→57.468 Å / Num. all: 153114 / Num. obs: 26339 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 15.29 Å2 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.345→1.349 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 77.5

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.345→15.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9591 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9474 / SU R Cruickshank DPI: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.06 / SU Rfree Blow DPI: 0.06 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.058
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2009 1330 5.06 %RANDOM
Rwork0.1799 ---
obs0.181 26262 98.29 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6095 Å20 Å20 Å2
2---0.7387 Å20 Å2
3---0.1292 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.145 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.345→15.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1033 0 39 125 1197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011142HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.981584HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d393SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes32HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes186HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1142HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion137SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1412SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.4 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 125 4.93 %
Rwork0.2023 2408 -
all0.2042 2533 -
obs--98.29 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.4932 Å / Origin y: 9.3878 Å / Origin z: -16.4799 Å
111213212223313233
T-0.1182 Å20 Å2-0.0001 Å2--0.107 Å20.0167 Å2---0.1193 Å2
L0.764 °2-0.1544 °2-0.3891 °2-0.8042 °20.235 °2--0.8557 °2
S-0.0451 Å °-0.0724 Å °-0.0458 Å °0.0134 Å °-0.0064 Å °-0.022 Å °-0.0055 Å °0.0472 Å °0.0516 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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