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- PDB-4whr: Anhydride reaction intermediate trapped in Protocatechuate 3,4-di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4whr
タイトルAnhydride reaction intermediate trapped in Protocatechuate 3,4-dioxygenase (pseudomonas putida) at pH 8.5
要素
  • (Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta ...) x 2
  • Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygen activation / non-heme iron / intradiol dioxygenase / aromatic ring cleavage / catalytic intermediates
機能・相同性
機能・相同性情報


protocatechuate 3,4-dioxygenase / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-fluorobenzene-1,2-diol / 4-fluorooxepine-2,7-dione / BETA-MERCAPTOETHANOL / : / Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Knoot, C.J. / Lipscomb, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM24689 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM08700 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of alkylperoxo and anhydride intermediates in an intradiol ring-cleaving dioxygenase.
著者: Knoot, C.J. / Purpero, V.M. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2014年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,56230
ポリマ－146,9896
非ポリマー2,57324
水17,060947
1
A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
ヘテロ分子

A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
ヘテロ分子

A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
ヘテロ分子

A: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
E: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
C: Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
D: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
B: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
F: Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)598,250120
ポリマ－587,95724
非ポリマー10,29396
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area148970 Å2
ΔGint-858 kcal/mol
Surface area166080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.437, 140.644, 168.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-722-

HOH

21B-735-

HOH

31F-724-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 AEC

#1: タンパク質 Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / 3 / 4-PCD


分子量: 22278.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: pcaG / プラスミド: pCE120K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00436, protocatechuate 3,4-dioxygenase

-
Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta ... , 2種, 3分子 DBF

#2: タンパク質 Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain / 3 / 4-PCD


分子量: 26712.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: pcaH / プラスミド: pCE120K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00437, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#3: タンパク質 Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain / 3 / 4-PCD


分子量: 26728.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: pcaH / プラスミド: pCE120K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00437, protocatechuate 3,4-dioxygenase

-
非ポリマー , 7種, 971分子

#4: 化合物
ChemComp-3N8 / 4-fluorobenzene-1,2-diol / 4-フルオロカテコ-ル


分子量: 128.101 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5FO2
#5: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-3NJ / 4-fluorooxepine-2,7-dione


分子量: 142.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H3FO3
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 947 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.2 M Ammonium Sulfate, 2.5 mM 2-mercaptoethanol, 100 mM Tris-HCl pH 8.5; 2:1 ratio of well sol. to 40 mg/ml protein solution in drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 188155 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 4.025 / Net I/av σ(I): 23.986 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 756615
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.58-1.612.10.35195780.7940.2830.4540.88893.7
1.61-1.642.30.333100120.8140.2590.4240.92298.1
1.64-1.672.60.34101940.8390.2470.4230.92599.6
1.67-1.730.354101700.8460.2320.4260.97599.9
1.7-1.743.40.368102490.8720.220.4311.02899.9
1.74-1.783.90.337101790.8970.190.3891.13399.8
1.78-1.824.20.306102260.9160.1650.3491.29899.8
1.82-1.874.50.277101790.940.1440.3131.44199.7
1.87-1.934.70.249102150.9470.1250.281.84999.6
1.93-1.994.80.216101780.9560.1080.2422.29599.4
1.99-2.064.80.193101420.960.0960.2172.7599.1
2.06-2.144.80.174101630.9610.0870.1953.39498.6
2.14-2.244.70.157100360.9590.080.1774.45898
2.24-2.364.70.14499800.9640.0740.1635.1797
2.36-2.514.70.13597840.9580.070.1536.23195.1
2.51-2.74.50.12895300.9590.0680.1457.86692.1
2.7-2.974.40.11689310.9630.0630.1338.99686.6
2.97-3.44.10.09976470.9690.0550.1149.19973.6
3.4-4.2940.08654410.9720.0470.0999.87552.2
4.29-504.20.06953210.9850.0370.07910.8549.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T63

3t63


解像度: 1.58→31.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.1879 / WRfactor Rwork: 0.1489 / FOM work R set: 0.8956 / SU B: 2.658 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.0967 / SU Rfree: 0.0809 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1918 9462 5 %RANDOM
Rwork0.1484 178692 --
obs0.1506 188155 91.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.29 Å2 / Biso mean: 24.54 Å2 / Biso min: 12.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→31.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10355 0 164 949 11468
Biso mean--36.85 31.07 -
残基数----1311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.96114824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7983.00123078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55451325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.00823.72543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91151635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1951585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022683
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.098320946
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.3075234
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.092521375
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.623 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 719 -
Rwork0.182 13383 -
all-14102 -
obs--93.41 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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