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- PDB-4whg: Crystal Structure of TR3 LBD in complex with Molecule 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4whg
タイトルCrystal Structure of TR3 LBD in complex with Molecule 3
要素Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
キーワードTRANSCRIPTION / LBD
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis / fat cell differentiation / skeletal muscle cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of cell cycle / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / response to electrical stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to amphetamine / lipopolysaccharide binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / presynapse / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(3,4,5-trihydroxyphenyl)octan-1-one / Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Li, F.W. / Cai, Q.X. / Li, A.Z. / Tian, X.Y. / Wang, W.J. / Wang, Y. / Hou, P.P. / Wu, Q. / Lin, T.W.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Induction of Autophagic Death in Cancer Cells by Agonizing TR3 and Attenuating Akt2 Activity
著者: Wang, W.J. / Wang, Y. / Hou, P.P. / Li, F.W. / Zhou, B. / Chen, H.Z. / Bian, X.L. / Cai, Q.X. / Xing, Y.Z. / He, J.P. / Zhang, H. / Huang, P.Q. / Lin, T. / Wu, Q.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2038
ポリマ－57,4912
非ポリマー7136
水5,657314
1
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8372
ポリマ－28,7451
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3666
ポリマ－28,7451
非ポリマー6215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.551, 76.807, 128.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 30 - 267 / Label seq-ID: 12 - 249

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A and chains B).

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3


分子量: 28745.305 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain, UNP residues 351-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-3NB / 1-(3,4,5-trihydroxyphenyl)octan-1-one


分子量: 252.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG4000, Sodium citrate, Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 39232 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.418 / Net I/av σ(I): 19.667 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 155445
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.18-2.223.80.47619651.06898.2
2.22-2.263.80.41919191.14498.9
2.26-2.33.90.35719451.21498
2.3-2.353.90.30819441.21998.4
2.35-2.440.26219621.23398.8
2.4-2.4640.23519451.26999.1
2.46-2.5240.20519801.35199.4
2.52-2.584.10.17719701.499.5
2.58-2.664.10.15319731.48299.7
2.66-2.754.10.1319801.56699.8
2.75-2.844.20.11519771.4299.7
2.84-2.964.20.09819971.4799.5
2.96-3.094.20.09319741.60999.5
3.09-3.264.10.08120101.76399.1
3.26-3.463.90.06919531.78498.7
3.46-3.733.80.0619861.89797.6
3.73-4.13.80.05719801.52197.6
4.1-4.73.70.05119571.37895.7
4.7-5.913.90.04720121.23297.5
5.91-503.70.04618031.23382.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Blu-Iceデータ収集
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKLデータスケーリング
精密化解像度: 2.18→37.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.37 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 1807 4.6 %RANDOM
Rwork0.1851 37351 --
obs0.1874 37351 96.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 180.35 Å2 / Biso mean: 40.044 Å2 / Biso min: 12.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→37.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 36 314 3989
Biso mean--85.02 47.44 -
残基数----466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9712.0075078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.35838555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6445462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.62823.247154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.8315647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3091528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7783.6921860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7783.691859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2135.4832315
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13162 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.158→2.214 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 103 -
Rwork0.236 2320 -
all-2423 -
obs--82.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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