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万見
- PDB-4wh5: Crystal structure of lincosamide antibiotic adenylyltransferase L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wh5
タイトルCrystal structure of lincosamide antibiotic adenylyltransferase LnuA, lincomycin-bound
要素Lincosamide resistance protein
キーワードtransferase/antibiotic / STRUCTURAL GENOMICS / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES (CSGID) / ALPHA+BETA STRUCTURE / AMINOGLYCOSIDE-2''-ADENYLYLTRANSFERASE SUPERFAMILY / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE SUPERFAMILY / TRANSFERASE / LINCOSAMIDE ADENYLYLTRANSFERASE / LINCOSAMIDE ANTIBIOTICS / LINCOMYCIN / CLINDAMYCIN / ADENOSINE TRIPHOSPHATE / INTRACELLULAR / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Beta Polymerase; domain 2 - #40 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LINCOMYCIN / Lincosamide resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus haemolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Dong, A. / Minasov, G. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Kudritska, M. / Yim, O. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF LINCOSAMIDE ANTIBIOTIC ADENYLYLTRANSFERASE LNUA, LINCOMYCIN BOUND
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2014年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年11月5日ID: 4E8J
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lincosamide resistance protein
B: Lincosamide resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5689
ポリマ－38,6222
非ポリマー9467
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.447, 63.444, 60.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lincosamide resistance protein


分子量: 19310.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus haemolyticus (バクテリア)
遺伝子: linA / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06107
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-3QB / LINCOMYCIN / methyl (5R)-5-[(1R,2R)-2-hydroxy-1-{[(4R)-1-methyl-4-propyl-L-prolyl]amino}propyl]-1-thio-beta-L-arabinopyranoside / リンコマイシン


分子量: 406.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34N2O6S / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 1.4 M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE, 0.1 M HEPES PH 7.3, 5 MM LINCOMYCIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→24 Å / Num. obs: 37695 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 16.27
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 2.036 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
StructureStudioデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXphenix.phaser位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FO1

4fo1


解像度: 1.82→23.35 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 1997 5.3 %random selection
Rwork0.188 ---
obs0.1902 37671 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→23.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2640 0 59 463 3162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4243805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5051024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8201-1.86560.3121410.25432427X-RAY DIFFRACTION97
1.8656-1.9160.27821410.21922543X-RAY DIFFRACTION100
1.916-1.97240.28341420.19382540X-RAY DIFFRACTION100
1.9724-2.0360.25331390.19972545X-RAY DIFFRACTION100
2.036-2.10880.22761420.18892541X-RAY DIFFRACTION100
2.1088-2.19310.2141440.18152546X-RAY DIFFRACTION100
2.1931-2.29290.26731410.18382540X-RAY DIFFRACTION100
2.2929-2.41360.22041410.19052553X-RAY DIFFRACTION100
2.4136-2.56470.23791380.19662586X-RAY DIFFRACTION100
2.5647-2.76240.23541530.19972540X-RAY DIFFRACTION100
2.7624-3.03990.25771360.19992562X-RAY DIFFRACTION100
3.0399-3.47850.2231470.17712552X-RAY DIFFRACTION100
3.4785-4.37780.21241420.16382584X-RAY DIFFRACTION100
4.3778-23.35140.19441500.18932615X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1038-1.5178-0.22362.4482-0.12991.77310.10320.236-0.0233-0.1115-0.07640.2043-0.0078-0.2138-0.01540.1120.0001-0.01640.14370.00260.1436-25.6852-1.3791-22.7846
22.7563-0.251.03524.34560.30542.12020.15810.078-0.2045-0.0399-0.0873-0.01680.17610.0446-0.04740.07810.0247-0.00950.1311-0.00330.1525-15.3267-10.6184-16.5111
31.51180.6699-1.0542.249-1.35272.0405-0.0591-0.1216-0.04950.0152-0.00590.02830.09780.0010.05040.12030.0189-0.00940.0949-0.01130.1123-7.2569-34.86741.5302
42.3269-0.77140.19423.5066-0.06023.3997-0.07530.1646-0.2083-0.28150.08950.3930.2757-0.23760.01470.1725-0.023-0.01330.13540.03120.1893-10.6595-26.8449-10.7475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:94 )A4 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 95:161 )A95 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 4:94 )B4 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 95:161 )B95 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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