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- PDB-4wel: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP3 with SMC-3176 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wel
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP3 with SMC-3176
要素Penicillin-binding protein 3
キーワードPenicillin-binding protein/inhibitor / inhibitor (酵素阻害剤) / siderophore-conjugated monocarbams / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / penicillin-binding protein 3 / Penicillin-binding protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / carboxypeptidase activity / タンパク質分解 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #330 / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Beta-Lactamase - #330 / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3LE / Penicillin-binding protein 3 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: SAR and Structural Analysis of Siderophore-Conjugated Monocarbam Inhibitors of Pseudomonas aeruginosa PBP3.
著者: Murphy-Benenato, K.E. / Dangel, B. / Davis, H.E. / Durand-Reville, T.F. / Ferguson, A.D. / Gao, N. / Jahic, H. / Mueller, J.P. / Manyak, E.L. / Quiroga, O. / Rooney, M. / Sha, L. / Sylvester, ...著者: Murphy-Benenato, K.E. / Dangel, B. / Davis, H.E. / Durand-Reville, T.F. / Ferguson, A.D. / Gao, N. / Jahic, H. / Mueller, J.P. / Manyak, E.L. / Quiroga, O. / Rooney, M. / Sha, L. / Sylvester, M. / Wu, F. / Zambrowski, M. / Zhao, S.X.
履歴
登録2014年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1062
ポリマ－58,3291
非ポリマー7771
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.442, 83.337, 89.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 3


分子量: 58329.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
遺伝子: CIA_00399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S0J4R2, UniProt: A0A0M3KKZ3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-3LE / (3S,4S,7Z)-7-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-4-formyl-1-[({3-(5-hydroxy-4-oxo-3,4-dihydropyridin-2-yl)-4-[3-(methylsulfonyl)propyl]-5-oxo-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-1-yl}sulfonyl)amino]-3,10,10-trimethyl-1,6-dioxo-9-oxa-2,5,8-triazaundec-7-en-11-oic acid


分子量: 776.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N10O13S3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→89.411 Å / Num. obs: 35818 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 35.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.99→1.997 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3pbo

3pbo


解像度: 1.99→60.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9448 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.148
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1788 5 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.1912 35749 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6292 Å20 Å20 Å2
2---3.2109 Å20 Å2
3---7.8401 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.247 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→60.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3820 0 51 216 4087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013948HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.045363HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1373SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes599HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3948HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion507SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4755SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 139 4.81 %
Rwork0.2081 2749 -
all0.2089 2888 -
obs--99.95 %
精密化 TLS手法: refined / 詳細: Chain A / Origin x: 5.679 Å / Origin y: 20.7467 Å / Origin z: 1.6319 Å
111213212223313233
T-0.1322 Å20.0192 Å2-0.0021 Å2--0.0447 Å20.016 Å2---0.0803 Å2
L0.0117 °20.1078 °20.0884 °2-0.6573 °20.811 °2--1.7657 °2
S-0.0417 Å °-0.0908 Å °-0.0316 Å °0.0834 Å °0.0314 Å °0.0401 Å °0.1328 Å °0.1082 Å °0.0103 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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