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- PDB-4us1: The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4us1
タイトルThe crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands
要素
  • GTPASE HRAS
  • SON OF SEVENLESS HOMOLOG 1
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / phospholipase C activator activity / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Interleukin-15 signaling ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / phospholipase C activator activity / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / oncogene-induced cell senescence / Activation of RAC1 / blood vessel morphogenesis / Signaling by LTK / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of ruffle assembly / epidermal growth factor receptor binding / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / T-helper 1 type immune response / leukocyte migration / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Fc-epsilon receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / roof of mouth development / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / B cell homeostasis / regulation of T cell proliferation / RET signaling / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC1 events in ERBB4 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / hair follicle development / Interleukin receptor SHC signaling / Signalling to RAS / adipose tissue development / Signal attenuation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / EPHB-mediated forward signaling / GRB2 events in EGFR signaling / RAC1 GTPase cycle / SHC1 events in EGFR signaling / myelination / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FGFR1 in disease / FCERI mediated Ca+2 mobilization / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / intrinsic apoptotic signaling pathway / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / GTPase activator activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / axon guidance / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / T cell activation / guanyl-nucleotide exchange factor activity
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Histone-fold / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L71 / GTPase HRas / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Winter, J.J.G. / Anderson, M. / Blades, K. / Brassington, C. / Breeze, A.L. / Chresta, C. / Embrey, K. / Fairley, G. / Faulder, P. / Finlay, M.R.V. ...Winter, J.J.G. / Anderson, M. / Blades, K. / Brassington, C. / Breeze, A.L. / Chresta, C. / Embrey, K. / Fairley, G. / Faulder, P. / Finlay, M.R.V. / Kettle, J.G. / Nowak, T. / Overman, R. / Patel, S.J. / Perkins, P. / Spadola, L. / Tart, J. / Tucker, J. / Wrigley, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Small Molecule Binding Sites on the Ras:SOS Complex Can be Exploited for Inhibition of Ras Activation.
著者: Winter, J. / Anderson, M. / Blades, K. / Chresta, C. / Embrey, K.J. / Fairley, G. / Faulder, P. / Finlay, M.R.V. / Kettle, J.G. / Nowak, T. / Overman, R. / Patel, S.J. / Perkins, P. / ...著者: Winter, J. / Anderson, M. / Blades, K. / Chresta, C. / Embrey, K.J. / Fairley, G. / Faulder, P. / Finlay, M.R.V. / Kettle, J.G. / Nowak, T. / Overman, R. / Patel, S.J. / Perkins, P. / Spadola, L. / Tart, J. / Tucker, J.A. / Wrigley, G.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: GTPASE HRAS
S: SON OF SEVENLESS HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4933
ポリマ－78,2612
非ポリマー2321
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-5.9 kcal/mol
Surface area29170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.560, 149.560, 199.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 GTPASE HRAS / H-RAS / H-RAS-1 / HA-RAS / TRANSFORMING PROTEIN P21 / C-H-RAS / P21RAS / GTPASE HRAS / N-TERMINALLY PROCESSED


分子量: 21083.557 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT LINK TO COMPOUND VIA CYS 118 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112
#2: タンパク質 SON OF SEVENLESS HOMOLOG 1 / SON OF SEVENLESS-1 / SOS-1


分子量: 57177.426 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 564-1049 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889
#3: 化合物 ChemComp-L71 / (3S)-3-[3-(aminomethyl)phenyl]-1-ethylpyrrolidine-2,5-dione


分子量: 232.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細3-[3-(AMINOMETHYL)PHENYL]-1-ETHYL-PYRROLE-2,5-DIONE: COVALENTLY LINKED TO R CYS118 TO FORM L71

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.51 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→49.91 Å / Num. obs: 30489 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 63.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BKD

1bkd


解像度: 2.65→49.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9346 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.386 / SU Rfree Blow DPI: 0.258
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 1532 5.03 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 30482 91.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4395 Å20 Å20 Å2
2---0.4395 Å20 Å2
3---0.8791 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.319 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→49.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5072 0 17 177 5266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110211HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0118466HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2262SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes144HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1470HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10211HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion677SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11299SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 139 4.72 %
Rwork0.2376 2803 -
all0.2408 2942 -
obs--91.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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