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万見
- PDB-4unr: Mtb TMK in complex with compound 23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4unr
タイトルMtb TMK in complex with compound 23
要素Thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / ATP TMP PHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


TMP metabolic process / dTMP kinase / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTMP kinase activity / dTTP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding ...TMP metabolic process / dTMP kinase / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTMP kinase activity / dTTP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QZE / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Read, J.A. / Hussein, S. / Gingell, H. / Tucker, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure Guided Lead Generation for M. Tuberculosis Thymidylate Kinase (Mtb Tmk): Discovery of 3-Cyanopyridone and 1,6-Naphthyridin-2-One as Potent Inhibitors.
著者: Naik, M. / Raichurkar, A. / Bandodkar, B.S. / Varun, B.V. / Bhat, S. / Kalkhambkar, R. / Murugan, K. / Menon, R. / Bhat, J. / Paul, B. / Iyer, H. / Hussein, S. / Tucker, J.A. / Vogtherr, M. / ...著者: Naik, M. / Raichurkar, A. / Bandodkar, B.S. / Varun, B.V. / Bhat, S. / Kalkhambkar, R. / Murugan, K. / Menon, R. / Bhat, J. / Paul, B. / Iyer, H. / Hussein, S. / Tucker, J.A. / Vogtherr, M. / Embrey, K.J. / Mcmiken, H. / Prasad, S. / Gill, A. / Ugarkar, B.G. / Venkatraman, J. / Read, J. / Panda, M.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3946
ポリマ－44,5282
非ポリマー8654
水4,720262
1
A: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6973
ポリマ－22,2641
非ポリマー4332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6973
ポリマ－22,2641
非ポリマー4332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.508, 75.508, 71.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 22264.113 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: tmk, tmk_1, tmk_2, DKC2_3451, DSI35_30710, ERS007657_00125, ERS007661_00085, ERS007679_02297, ERS007681_01491, ERS007703_02607, ERS007741_01144, ERS023446_00222, ERS024213_00798, ERS027644_ ...遺伝子: tmk, tmk_1, tmk_2, DKC2_3451, DSI35_30710, ERS007657_00125, ERS007661_00085, ERS007679_02297, ERS007681_01491, ERS007703_02607, ERS007741_01144, ERS023446_00222, ERS024213_00798, ERS027644_01165, ERS027646_01076, ERS027651_00812, ERS027652_02895, ERS027653_00561, ERS027654_03560, ERS027656_02366, ERS027659_02658, ERS027666_03206, ERS031537_04492, ERS124361_01566, EU767_17775, EU768_12605, EU769_05785, EU770_08300, EU771_12795, EU773_12630, EU774_05685, EU775_05915, EU776_12880, EU777_03925, EUB02_06795, EUB03_06915, EUB06_16595, EUB07_02595, EUB08_14260, EUB09_06965, EUB10_01690, EUB11_02810, EUB12_02780, EUB13_09520, EUB14_09750, EUB16_09100, SAMEA2682835_07050, SAMEA2683035_03767
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045HB39, UniProt: P9WKE1*PLUS, dTMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-QZE / 4-[3-cyano-2-oxo-7-(1H-pyrazol-4-yl)-5,6-dihydro-1H-benzo[h]quinolin-4-yl]benzoic acid


分子量: 408.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H16N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Well soln: 0.1M PCTP, pH6.8, 4.5M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月31日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→71 Å / Num. obs: 31560 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G3U

1g3u


解像度: 1.98→65.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.18 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20759 1591 5.1 %RANDOM
Rwork0.17817 ---
obs0.17968 29826 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.2 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→65.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2722 0 64 262 3048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9713904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90934412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8665374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.50222.613111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91215398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9291523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.51852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1491.5778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34322889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99431010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2744.51015
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 116 -
Rwork0.245 2045 -
obs--92.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98560.11190.26790.82760.38510.93370.00260.0352-0.064-0.0022-0.0037-0.0056-0.01170.04040.00120.0116-0.00830.00790.0124-0.0080.010857.009237.000713.4287
20.2903-0.0774-0.31321.81391.37121.43870.0544-0.0463-0.00960.1210.0805-0.17910.09370.0715-0.1350.04410.0023-0.03770.0414-0.03670.061957.394213.2788-13.7597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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