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万見
- PDB-4uai: Crystal structure of CXCL12 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uai
タイトルCrystal structure of CXCL12 in complex with inhibitor
要素Stromal cell-derived factor 1
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE INHIBITOR / CXCL12 / inhibitor / complex / chemokine / CYTOKINE-CYTOKINE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / positive regulation of vasculature development / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance ...chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / positive regulation of vasculature development / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / induction of positive chemotaxis / integrin activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to chemokine / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / blood circulation / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of calcium ion import / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of T cell migration / animal organ regeneration / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / cell chemotaxis / adult locomotory behavior / axon guidance / growth factor activity / neuron migration / response to virus / response to peptide hormone / defense response / intracellular calcium ion homeostasis / integrin binding / chemotaxis / G alpha (i) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / Estrogen-dependent gene expression / response to hypoxia / cell adhesion / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phenyl-3-[4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]urea / Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Smith, E.W. / Chen, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097381 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI058072 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA173056 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Analysis of a Novel Small Molecule Ligand Bound to the CXCL12 Chemokine.
著者: Smith, E.W. / Liu, Y. / Getschman, A.E. / Peterson, F.C. / Ziarek, J.J. / Li, R. / Volkman, B.F. / Chen, Y.
履歴
登録2014年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 2.02017年9月27日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site_anisotrop / citation ...atom_site_anisotrop / citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 2.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal cell-derived factor 1
B: Stromal cell-derived factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4295
ポリマ－15,9572
非ポリマー4723
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.930, 57.710, 72.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 67 / Label seq-ID: 2 - 67

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Stromal cell-derived factor 1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / hIRH / Pre-B cell growth- ...hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / hIRH / Pre-B cell growth-stimulating factor / PBSF


分子量: 7978.460 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1, SDF1A, SDF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48061
#2: 化合物 ChemComp-3GG / 1-phenyl-3-[4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]urea / 1-[4-(1H-テトラゾ-ル-5-イル)フェニル]-3-フェニル尿素


分子量: 280.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N6O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2 M AmSO4, 2% MPD, 0.1 M MES Sodium Salt pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.16 Å / Num. obs: 12099 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.89 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J7Z

2j7z


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.465 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 637 5 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
obs-12099 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.111 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1107 0 31 40 1178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8221.9861572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.37532664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5545133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.823.46252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82715218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7471510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0671.832538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0291.825537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0192.706669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.032.713670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6722.658626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3052.62618
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4633.639892
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.62116.4491238
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.61916.4831239
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3472 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.18 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 47 -
Rwork0.215 889 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21620.9673-0.20071.9092-0.44971.7908-0.03720.0557-0.1383-0.05660.0211-0.0160.05090.02060.01610.0720.02860.01240.0165-0.00680.0367.758-8.0889.941
23.1369-0.28710.15366.00010.20814.17210.0062-0.00580.00680.0020.00940.2174-0.0798-0.1049-0.01570.0587-0.01660.00930.0369-0.01650.02326.2172.19220.039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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