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- PDB-4s3c: IspG in complex with Epoxide Intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s3c
タイトルIspG in complex with Epoxide Intermediate
要素4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Methylerythritol-Phosphate Pathway / Terpene Biosynthesis / Iron-Sulfur Enzymes / Reaction Mechanisms / Drug Development
機能・相同性
機能・相同性情報


(E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase (flavodoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin) / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-43Q / IRON/SULFUR CLUSTER / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (flavodoxin)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Quitterer, F. / Frank, A. / Wang, K. / Rao, G. / O'Dowd, B. / Li, J. / Guerra, F. / Abdel-Azeim, S. / Bacher, A. / Eppinger, J. ...Quitterer, F. / Frank, A. / Wang, K. / Rao, G. / O'Dowd, B. / Li, J. / Guerra, F. / Abdel-Azeim, S. / Bacher, A. / Eppinger, J. / Oldfield, E. / Groll, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Atomic-Resolution Structures of Discrete Stages on the Reaction Coordinate of the [Fe4S4] Enzyme IspG (GcpE).
著者: Quitterer, F. / Frank, A. / Wang, K. / Rao, G. / O'Dowd, B. / Li, J. / Guerra, F. / Abdel-Azeim, S. / Bacher, A. / Eppinger, J. / Oldfield, E. / Groll, M.
履歴
登録2015年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0014
ポリマ－44,2781
非ポリマー7233
水5,062281
1
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0028
ポリマ－88,5562
非ポリマー1,4466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area29760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.930, 62.840, 86.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1232-

HOH

21A-1237-

HOH

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 44278.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8/DSM 579 / 遺伝子: ispG, TTHA0305 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLI8, EC: 1.17.7.1
#2: 化合物 ChemComp-43Q / (3S)-1,3-dihydroxy-4-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}-2-methylbut-2-ylium, carbokation intermediate


分子量: 279.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O9P2
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE; 20% PEG3350; 0.2 M Na2SO4 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.971 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月28日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. all: 84126 / Num. obs: 81686 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S38

4s38


解像度: 1.45→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.979 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16103 4085 5 %RANDOM
Rwork0.12305 ---
obs0.12498 77599 97.43 %-
all-81684 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0.05 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 30 281 3387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0193270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7782.0174491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4853.0017440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7245421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6822.652132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08115565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.591534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0712.1141657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0342.1111656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7843.1842087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5723.1922088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0112.7621613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.5682.7571613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3153.8852343
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.61718.8973791
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.61718.8973791
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.17636498
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.853579
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.89856620
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 299 -
Rwork0.248 5683 -
obs--98.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.5907 Å / Origin y: 23.4218 Å / Origin z: 2.7327 Å
111213212223313233
T0.0037 Å20.0001 Å2-0.0006 Å2-0.024 Å2-0.0001 Å2--0.0111 Å2
L0.0104 °2-0.0018 °20.0021 °2-0.0015 °2-0.0006 °2--0.0046 °2
S-0.0001 Å °-0.0011 Å °-0 Å °0.0004 Å °0.0006 Å °0.0003 Å °-0.0005 Å °-0.0011 Å °-0.0005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 404
2X-RAY DIFFRACTION1A901 - 903
3X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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