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- PDB-4rut: crystal structure of murine cyclooxygenase-2 with 13-methyl-arach... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rut
タイトルcrystal structure of murine cyclooxygenase-2 with 13-methyl-arachidonic Acid
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / PROSTAGLANDIN-ENDOPEROXIDE SYNTHASE / FATTY ACID ANALOG / GLYCOSYLATION / MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / negative regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / negative regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / response to selenium ion / prostanoid biosynthetic process / response to nematode / regulation of neuroinflammatory response / cellular response to fluid shear stress / cyclooxygenase pathway / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of fever generation / positive regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin secretion / positive regulation of synaptic plasticity / prostaglandin biosynthetic process / nuclear inner membrane / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / bone mineralization / maintenance of blood-brain barrier / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / brown fat cell differentiation / nuclear outer membrane / keratinocyte differentiation / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of vasoconstriction / embryo implantation / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to cytokine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / learning / peroxidase activity / memory / positive regulation of protein import into nucleus / caveola / regulation of blood pressure / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell population proliferation / response to lipopolysaccharide / angiogenesis / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / Chem-LM8 / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Xu, S. / Kudalkar, S.N. / Banerjee, S. / Makriyannis, A. / Nikas, S.P. / Marnett, L.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: 13-methylarachidonic Acid is a positive allosteric modulator of endocannabinoid oxygenation by cyclooxygenase.
著者: Kudalkar, S.N. / Nikas, S.P. / Kingsley, P.J. / Xu, S. / Galligan, J.J. / Rouzer, C.A. / Banerjee, S. / Ji, L. / Eno, M.R. / Makriyannis, A. / Marnett, L.J.
履歴
登録2014年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,13526
ポリマ－269,3314
非ポリマー7,80422
水20,5011138
1
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,56813
ポリマ－134,6652
非ポリマー3,90211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10480 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42040 Å2
手法PISA
2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,56813
ポリマ－134,6652
非ポリマー3,90211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area41900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.796, 121.539, 134.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGH synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 67332.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: PLV1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 3種, 14分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1146分子

#4: 化合物
ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#5: 化合物
ChemComp-LM8 / (5Z,8Z,11Z,13S,14Z)-13-methylicosa-5,8,11,14-tetraenoic acid / (5Z,8Z,11Z,14Z)-13S-methyl-5,8,11,14-eicosatetraenoic acid


分子量: 318.493 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM EPPS pH 8.0, 20~25% PEG MME 550, 80~120 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→112.4 Å / Num. all: 152423 / Num. obs: 152390 / % possible obs: 98.12 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 39.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル解像度: 2.16→2.24 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique all: 15303 / % possible all: 95.94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3NT1 chain A

3nt1


解像度: 2.16→112.393 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 4542 2.98 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.1782 152390 --
obs0.1775 152330 98.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→112.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17896 0 528 1138 19562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01318996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45325778
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6397066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1596-2.18420.33571310.30024644X-RAY DIFFRACTION93
2.1842-2.20990.3121710.28784920X-RAY DIFFRACTION98
2.2099-2.23680.31241430.27914849X-RAY DIFFRACTION97
2.2368-2.26510.30341510.27254807X-RAY DIFFRACTION97
2.2651-2.2950.33781410.27634869X-RAY DIFFRACTION96
2.295-2.32640.35041480.2614816X-RAY DIFFRACTION97
2.3264-2.35960.30081580.23644933X-RAY DIFFRACTION99
2.3596-2.39490.27711580.21364959X-RAY DIFFRACTION99
2.3949-2.43230.26821500.21434946X-RAY DIFFRACTION99
2.4323-2.47220.24181380.20564966X-RAY DIFFRACTION99
2.4722-2.51480.26511670.20494944X-RAY DIFFRACTION99
2.5148-2.56050.25071490.20494967X-RAY DIFFRACTION99
2.5605-2.60980.25441560.20344940X-RAY DIFFRACTION99
2.6098-2.66310.26481500.20454957X-RAY DIFFRACTION99
2.6631-2.7210.27091540.18974944X-RAY DIFFRACTION98
2.721-2.78430.28041490.19324887X-RAY DIFFRACTION97
2.7843-2.85390.28221540.19614841X-RAY DIFFRACTION97
2.8539-2.93110.24781530.18975020X-RAY DIFFRACTION99
2.9311-3.01730.24461490.19324972X-RAY DIFFRACTION99
3.0173-3.11470.23621590.18884963X-RAY DIFFRACTION99
3.1147-3.22610.24251460.1844988X-RAY DIFFRACTION99
3.2261-3.35520.25781510.18824973X-RAY DIFFRACTION99
3.3552-3.50790.22141580.16974942X-RAY DIFFRACTION99
3.5079-3.69290.24011430.15814846X-RAY DIFFRACTION96
3.6929-3.92430.18871570.14664981X-RAY DIFFRACTION99
3.9243-4.22730.1921520.14214982X-RAY DIFFRACTION99
4.2273-4.65270.16081500.13314991X-RAY DIFFRACTION99
4.6527-5.3260.16081420.13084941X-RAY DIFFRACTION98
5.326-6.710.19971610.15894947X-RAY DIFFRACTION98
6.71-112.54540.17071530.16055053X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5215-0.20210.81342.7526-2.20392.75470.0968-0.37270.08490.1260.17810.3714-0.2561-0.6759-0.29510.33380.05790.12780.58330.05230.4701-81.5015-26.557318.5293
24.0332-0.60951.87213.36510.86771.5298-0.2705-0.24890.81670.36780.34040.3608-0.4875-0.00490.04140.43120.1160.06540.482-0.00820.558-74.5376-1.90085.049
31.6156-0.06660.68721.5258-0.64091.44530.0772-0.1995-0.2014-0.10340.1120.27270.3109-0.3656-0.15550.339-0.089-0.00950.36230.09070.3327-72.8147-36.82514.1322
41.08760.46170.28211.645-0.37841.368-0.05140.13920.1264-0.38380.2040.3650.0549-0.1133-0.05530.3816-0.0672-0.09320.33360.05780.2816-69.9769-22.7318-12.8525
530.875-0.02752.35-0.66981.7588-0.1820.4203-0.1722-0.54070.0285-0.21720.14440.23530.15460.3664-0.01380.05930.31430.03540.2254-49.8956-20.359-15.9213
61.8239-0.01630.58670.9128-0.36211.1354-0.0370.03610.1824-0.04040.04390.1152-0.0568-0.05860.0080.3088-0.0067-0.01930.27890.05220.2895-60.7574-12.4959-1.2627
72.41561.2443-0.54824.0832.63682.776-0.19370.26640.0833-1.02570.1780.5230.2631-0.2257-0.00010.6989-0.1172-0.14190.460.09240.3574-65.9225-17.8378-28.2246
81.7740.62720.22851.6513-0.29031.50250.0174-0.00440.0403-0.23940.1630.50080.1762-0.4635-0.19060.296-0.0671-0.0840.43340.11570.4258-81.9853-26.4657-4.1428
91.67980.7160.57531.7-0.48161.8619-0.21980.18960.3088-0.20410.01320.0978-0.2964-0.02470.12320.3530.0041-0.03590.24950.01610.306-56.6161-5.0794-6.7422
100.44730.59510.12472.0482-2.06693.7796-0.17820.00850.18170.3979-0.12670.0835-0.71290.15160.2320.4662-0.0134-0.07110.2824-0.02570.4897-42.9556-3.638423.5828
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131.26490.13020.4121.1628-0.13650.95270.03710.0094-0.08460.0385-0.034-0.13510.17490.0914-0.02410.2710.03420.00750.21980.0210.224-42.6634-40.185421.9615
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162.69730.4878-0.00162.3515-0.10611.3409-0.0046-0.3021-0.3380.2568-0.1098-0.31310.21110.27650.05510.43910.0319-0.12310.42920.06870.426-32.595-46.6235.2233
171.4686-0.02110.1731.1933-0.37021.4389-0.0391-0.15320.2810.2944-0.1084-0.3276-0.20720.33660.18380.3441-0.0564-0.1070.36490.02490.4062-29.5169-17.844426.9718
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192.8653-2.5176-0.04552.39490.29311.1671-0.4058-0.6844-0.26430.54380.26590.04720.0265-0.26450.06940.40730.04920.08190.63960.05430.3389-102.3698-33.409286.9815
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212.0651-0.9691.3290.7733-0.12751.764-0.1448-0.44030.16310.1020.10970.08530.0126-0.17950.06750.25690.04680.02160.3603-0.06640.2636-97.5496-24.928569.2772
221.2025-0.30.26821.34190.37291.16370.04930.00250.074-0.15660.0244-0.1743-0.0510.0999-0.08050.2105-0.0010.03850.22180.00060.2416-78.2499-37.953356.9759
231.9431-0.62960.74131.40750.13610.95460.0698-0.1709-0.21780.0830.04680.04260.19240.0044-0.09290.24370.02040.03140.31530.04620.2256-88.7835-45.407469.794
241.71320.1005-0.00711.62110.56651.54280.1276-0.14990.0192-0.02760.193-0.57340.04460.2094-0.21210.32440.00670.04170.4017-0.06630.4437-60.9404-41.759861.4762
251.68-0.24030.20731.50470.3640.8524-0.1073-0.56160.15040.36910.1384-0.14480.0453-0.0955-0.05690.34240.0523-0.02480.4595-0.05360.2523-80.8336-32.93782.3847
262.4007-0.41090.60871.53090.44440.84510.15250.0008-0.4545-0.03680.0047-0.00910.10410.0744-0.17550.29880.0146-0.03960.2230.01940.3506-83.9984-54.440657.1864
273.098-0.8729-0.53630.82650.19620.29570.0899-0.0413-0.7357-0.0439-0.05090.4460.1663-0.0236-0.01150.5021-0.0444-0.14420.39070.03720.6292-115.5223-52.268452.5787
281.3767-0.31240.38680.6496-0.16560.81190.1770.571-0.2982-0.5575-0.13490.42070.2080.0973-0.06520.49260.0741-0.17140.399-0.08850.4244-108.7424-42.043534.5299
291.0709-0.18030.30821.02170.08840.82290.05750.0871-0.0748-0.2907-0.06270.3912-0.0262-0.18340.01950.31420.0234-0.09180.3107-0.010.409-119.5491-26.354848.4005
301.8307-0.69260.51291.75620.02411.7187-0.0057-0.4415-0.0292-0.05660.09470.4728-0.0312-0.42420.00510.2145-0.00180.03050.40710.030.3988-122.028-23.456166.1546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 92 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 181 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 182 through 218 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 219 through 319 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 320 through 390 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 391 through 428 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 429 through 535 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 536 through 583 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 33 through 105A)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 106 through 138 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 139 through 181 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 182 through 269 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 270 through 346 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 347 through 390 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 391 through 428 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 429 through 535 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 536 through 583 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 33 through 94 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 95 through 123 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 124 through 158 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 159 through 346 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 347 through 390 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 391 through 428 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 429 through 535 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 536 through 583 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 33 through 138 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 139 through 181 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 182 through 536 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 537 through 583 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る