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- PDB-4rkz: Crystal Structure of Mevalonate-3-Kinase from Thermoplasma acidop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rkz
タイトルCrystal Structure of Mevalonate-3-Kinase from Thermoplasma acidophilum (Mevalonate 3-Phosphate/ADP Bound)
要素Putative uncharacterized protein Ta1305
キーワードTRANSFERASE / mevalonate / mevalonate-3-kinase / mevalonate pyrophosphate decarboxylase / mevalonate diphosphate decarboxylase / mevalonic acid / mevalonate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate 3-kinase / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Mevalonate-3-kinase, C-terminal domain / : / Diphosphomevalonate decarboxylase-like N-terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3S4 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Mevalonate 3-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vinokur, J.M. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of mevalonate-3-kinase provides insight into the mechanisms of isoprenoid pathway decarboxylases.
著者: Vinokur, J.M. / Korman, T.P. / Sawaya, M.R. / Collazo, M. / Cascio, D. / Bowie, J.U.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein Ta1305
B: Putative uncharacterized protein Ta1305
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8259
ポリマ－74,5572
非ポリマー1,2687
水72140
1
A: Putative uncharacterized protein Ta1305
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0304
ポリマ－37,2781
非ポリマー7513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein Ta1305
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7955
ポリマ－37,2781
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.370, 61.060, 103.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A
21CHAIN B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1THRTHRCHAIN AAA2 - 31821 - 337
2GLYGLYCHAIN BBB-1 - 31818 - 337

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein Ta1305 / Mevalonate-3-Kinase


分子量: 37278.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: Ta1305 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HIN1
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-3S4 / (3R)-5-hydroxy-3-methyl-3-(phosphonooxy)pentanoic acid


分子量: 228.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O7P
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ProComplex condition 68, (Quiagen Cat No. 135468A) 0.1 M Sodium Acetate pH 5.0, 1.0 M Ammonium Sulfate (2:1 Protein:Reservoir ratio), soaked in 5 mM mevalonate 3-phosphate and ADP generated ...詳細: ProComplex condition 68, (Quiagen Cat No. 135468A) 0.1 M Sodium Acetate pH 5.0, 1.0 M Ammonium Sulfate (2:1 Protein:Reservoir ratio), soaked in 5 mM mevalonate 3-phosphate and ADP generated enzymatically, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→86.891 Å / Num. all: 34215 / Num. obs: 34215 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 53.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 15.04
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.360.633.18199.4
2.36-2.420.4854199.5
2.42-2.490.4174.54199.1
2.49-2.570.3715.58199.3
2.57-2.660.2897.08199.6
2.66-2.750.2468.33199.4
2.75-2.850.1910.19199.3
2.85-2.970.14412.28199.4
2.97-3.10.10914.69199.4
3.1-3.250.08816.62198.5
3.25-3.430.07420.8199.6
3.43-3.640.06523.91199.5
3.64-3.890.05826.38199
3.89-4.20.05427.89198.8
4.2-4.60.0528.87199.6
4.6-5.140.04729.09197.5
5.14-5.940.04931.09199.4
5.94-7.270.0531.52199
7.27-10.290.05331.02197.6
10.29-54.430.05633.7198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1555精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RKP

4rkp


解像度: 2.3→86.891 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 3418 10 %
Rwork0.2015 --
obs0.2063 34194 99.44 %
all-34194 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.1158 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→86.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4747 0 75 40 4862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6726701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.011688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002855
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A2794X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL
12B2794X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33290.41781420.31951283X-RAY DIFFRACTION100
2.3329-2.36770.35411390.30931259X-RAY DIFFRACTION100
2.3677-2.40470.36691440.29271317X-RAY DIFFRACTION99
2.4047-2.44410.39341400.28441252X-RAY DIFFRACTION99
2.4441-2.48630.33751400.28171257X-RAY DIFFRACTION100
2.4863-2.53150.3181420.26011282X-RAY DIFFRACTION99
2.5315-2.58020.31721390.25321242X-RAY DIFFRACTION99
2.5802-2.63290.33121430.25121286X-RAY DIFFRACTION100
2.6329-2.69010.32051410.23541275X-RAY DIFFRACTION100
2.6901-2.75270.31271430.24811286X-RAY DIFFRACTION99
2.7527-2.82160.27611430.24051280X-RAY DIFFRACTION100
2.8216-2.89780.31981420.24941282X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-2.98310.27971390.23831250X-RAY DIFFRACTION99
2.9831-3.07940.27191460.22161313X-RAY DIFFRACTION100
3.0794-3.18950.28761410.24161272X-RAY DIFFRACTION99
3.1895-3.31720.28531410.22891269X-RAY DIFFRACTION99
3.3172-3.46820.24441440.21591295X-RAY DIFFRACTION100
3.4682-3.6510.25641420.20111273X-RAY DIFFRACTION100
3.651-3.87980.2331430.19011293X-RAY DIFFRACTION100
3.8798-4.17930.23631430.17061284X-RAY DIFFRACTION99
4.1793-4.59990.20161430.1571283X-RAY DIFFRACTION100
4.5999-5.26540.19931430.16741291X-RAY DIFFRACTION98
5.2654-6.63350.26141460.19121314X-RAY DIFFRACTION100
6.6335-86.95260.18691490.16871338X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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