PDB-4rad: Aza-acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphona...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rad

タイトル

Aza-acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphonate group as inhibitors of the human, Plasmodium falciparum and vivax 6-oxopurine phosphoribosyltransferases and their pro-drugs as antimalarial agents

要素

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / Acyclic nucleoside monophosphonates / Malaria / 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferase / 9-[(N-Phosphonoethyl-N-phosphonoethoxyethyl)-2-aminoethyl]guanine / cytoplasmic / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / lymphocyte proliferation / guanine phosphoribosyltransferase activity / IMP metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Wang, T.-H. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Guddat, L.W.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Aza-acyclic Nucleoside Phosphonates Containing a Second Phosphonate Group As Inhibitors of the Human, Plasmodium falciparum and vivax 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases and Their ...
著者: Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Wang, T.H. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Guddat, L.W.

履歴

登録	2014年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月23日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rad.cif.gz	948.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rad.ent.gz	816.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4rad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4rad	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rabC 4racC 4ranC 4raoC 4raqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w8v-d 4rac-d 4ran-d 4rao-d 4rab-d 5fp1-d 4raq-d 6bnj-d 4ijq-d 6fok-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

G: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

H: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

200 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.9 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

G: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

H: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.048, 114.930, 97.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRT / HGPRTase 分子量: 24481.217 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPRT1, HPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-3L5 / (2-{[2-(2-amino-6-oxo-3,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl][2-(2-phosphonoethoxy)ethyl]amino}ethyl)phosphonic acid 分子量: 454.313 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₄N₆O₈P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1 M sodium/potassium tartrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35.56 Å / Num. obs: 109369 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→35.56 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	1998	1.83 %
R_work	0.2092	-	-
obs	0.2101	109325	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12792	0	241	598	13631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13425
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.919	18176
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.748	5126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	2012
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2260

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3365	144	0.3077	7692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1054	0.3144	143	0.2792	7711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1054-2.1674	0.2885	143	0.2678	7682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1674-2.2373	0.2942	143	0.2664	7679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2373-2.3173	0.3557	143	0.2648	7694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3173-2.41	0.2866	143	0.2529	7679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-2.5197	0.2938	144	0.2554	7688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5197-2.6525	0.3425	142	0.2519	7656	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6525-2.8186	0.2695	143	0.2465	7650	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8186-3.0361	0.3239	142	0.2295	7619	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0361-3.3415	0.2602	143	0.2129	7631	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3415-3.8245	0.2652	141	0.1837	7625	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8245-4.8166	0.2036	143	0.1547	7654	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8166-35.56	0.195	141	0.1785	7667	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8961	-0.012	-0.5626	2.4132	-0.1572	2.0151	-0.0522	-0.03	-0.0575	0.0274	0.0009	0.1953	0.0437	-0.0614	0.0405	0.2214	-0.0049	-0.0053	0.2684	-0.0228	0.3266	81.2572	-25.1287	2.3628
2	2.0048	1.7041	-1.7448	3.4278	-3.6662	6.6616	0.1512	-0.2263	0.8115	0.0491	0.0983	0.0556	-0.4987	0.1013	-0.405	0.3812	0.0129	-0.0313	0.3195	-0.0573	0.5437	79.6617	-4.9309	-0.3268
3	4.666	-1.299	0.2172	6.7653	-1.5533	2.6058	-0.0372	0.1774	0.1663	-0.1807	-0.0615	0.2501	-0.2381	-0.2658	0.0888	0.2838	0.0375	-0.0561	0.2758	-0.0113	0.3313	70.3272	-12.6637	-2.8049
4	1.3142	-0.5372	0.6403	2.0397	-0.439	6.4752	-0.1658	-0.1648	-0.1036	-0.0166	-0.0715	0.5211	0.084	-0.6677	0.1422	0.226	0.0016	-0.0065	0.3413	-0.0637	0.4592	69.6546	-25.6489	4.5348
5	0.6832	-0.8049	-1.9566	1.471	1.7953	6.5022	-0.6727	-0.0305	-0.3642	0.6346	0.0026	0.4871	0.6194	-0.8891	0.5565	0.4407	0.009	0.1295	0.4352	-0.0215	0.5017	72.2681	-29.7587	17.3052
6	4.5339	1.0676	-1.3873	6.7783	-4.1654	5.3041	-0.0485	0.4323	-0.2848	-0.405	0.1422	0.5901	0.242	-0.2917	-0.0549	0.2811	-0.0342	-0.0318	0.344	-0.0936	0.3544	84.8863	-39.3067	-7.8909
7	1.8214	-0.5269	0.1139	2.3018	1.0421	3.0401	-0.1201	-0.2371	-0.0382	0.2853	0.1679	-0.0686	0.205	0.1219	-0.0407	0.2849	0.0271	0.0079	0.2915	0.0204	0.2773	98.7702	-38.6692	10.5801
8	4.3697	-0.4288	0.585	5.9218	2.5663	2.3744	-0.3722	-0.382	-0.3349	0.771	-0.1984	0.1518	0.7064	-0.2907	0.4659	0.36	0.0418	0.0156	0.4136	0.0248	0.4069	106.9285	-40.3741	12.1765
9	8.7381	-3.7226	1.8678	7.7162	-4.8123	7.1416	-1.2104	-0.4104	-0.4025	0.3482	-0.81	0.688	0.7206	-0.7974	2.1006	0.5581	0.0297	0.1684	0.6422	-0.0949	0.8392	114.1624	-52.994	-0.3345
10	6.3464	0.7803	4.3014	3.3952	1.6871	6.5188	0.04	0.1263	-0.7546	0.3887	0.2104	-0.4387	0.529	0.7019	-0.3211	0.3432	0.0926	0.0325	0.3844	0.051	0.4309	104.3858	-52.4484	8.575
11	5.4996	6.9222	5.5879	9.624	7.188	5.7446	0.1862	-0.0576	-0.8243	0.4789	-0.1006	-0.2228	0.8569	0.0023	-0.2608	0.4334	0.0305	0.0832	0.3222	0.0311	0.4387	92.9884	-55.5571	5.9466
12	4.539	-1.0831	-1.5878	2.7416	-0.6607	7.2414	-0.0896	0.4595	-0.2214	-0.5074	0.0512	0.0129	0.5082	-0.2114	0.0592	0.3274	-0.0421	-0.0062	0.2934	-0.0617	0.3024	93.5504	-43.9358	-10.9937
13	6.325	-0.8689	-0.2531	1.9835	2.2822	5.766	-0.0495	0.1218	0.9784	-0.2207	0.1974	-0.3539	-0.6227	0.3845	-0.0788	0.3267	-0.0823	0.0049	0.3179	0.0101	0.5625	104.2796	-5.9191	3.7566
14	3.0083	0.7386	-0.7955	4.0777	-0.5834	1.4285	-0.0526	-0.2175	-0.0108	0.1497	0.0334	0.1163	0.0493	0.0504	0.0215	0.246	-0.0011	-0.0387	0.2804	-0.0432	0.2373	90.5329	-17.6305	17.8391
15	4.7796	-3.0551	-1.4743	4.5015	2.0876	2.3853	-0.3985	-0.4286	-0.1601	0.5037	0.2643	0.4791	0.0396	0.0927	0.1848	0.3516	-0.0349	-0.001	0.4302	-0.0479	0.2968	82.6793	-19.618	19.8256
16	3.4192	-1.1245	1.7446	6.3325	-4.2863	4.1834	-0.5161	-0.4802	0.6546	0.5286	-0.4182	0.134	-0.7462	-0.8615	0.8869	0.4153	-0.0373	-0.0581	0.5954	-0.056	0.7838	74.5539	-7.6704	23.2275
17	7.3918	2.6304	-5.0213	2.9973	-2.3531	4.8654	0.327	-0.6083	0.7308	-0.024	-0.1159	0.415	-0.4505	0.1129	-0.2173	0.3049	-0.0334	-0.0488	0.3754	-0.0651	0.4209	85.253	-3.5524	24.2531
18	1.7825	-0.9303	-0.949	0.7644	0.5077	2.1577	-0.2552	-0.206	0.2613	0.2771	0.2483	-0.212	-0.0326	-0.0053	-0.0391	0.3865	0.0091	-0.0483	0.4187	-0.0796	0.369	93.1943	-4.9408	24.4325
19	1.8637	-0.423	-0.005	1.6026	-1.1382	3.1285	0.027	-0.1163	0.8095	-0.1011	-0.0522	0.143	-0.12	0.0625	-0.001	0.3017	0.0007	-0.0026	0.2761	-0.0349	0.5419	95.5365	-1.5219	8.2892
20	5.9477	0.1956	1.6822	2.6362	0.2834	8.4155	-0.1988	0.9676	1.2287	-0.012	-0.0858	0.1803	-0.9565	0.0929	0.1475	0.3419	-0.0558	-0.0423	0.4172	0.1286	0.6134	96.2657	-0.713	0.6869
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精密化 TLSグループ

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22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 38:87 )	D	38 - 87
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 88:100 )	D	88 - 100
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN F AND RESID 166:179 )	F	166 - 179
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN F AND RESID 180:217 )	F	180 - 217
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN G AND RESID 5:17 )	G	5 - 17
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN G AND RESID 18:56 )	G	18 - 56
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN G AND RESID 57:85 )	G	57 - 85
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN G AND RESID 86:102 )	G	86 - 102
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN G AND RESID 113:139 )	G	113 - 139
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN G AND RESID 140:165 )	G	140 - 165
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN G AND RESID 166:179 )	G	166 - 179
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN G AND RESID 180:217 )	G	180 - 217
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN H AND RESID 3:17 )	H	3 - 17
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN H AND RESID 18:70 )	H	18 - 70
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN H AND RESID 71:116 )	H	71 - 116
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN H AND RESID 117:165 )	H	117 - 165
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN H AND RESID 166:217 )	H	166 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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