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- PDB-4qxm: Crystal structure of the InhA:GSK_SB713 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qxm
タイトルCrystal structure of the InhA:GSK_SB713 complex
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Rossman fold / enoyl-ACP reductase / NADH binding / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-713 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.196 Å
データ登録者Gulten, G. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016
タイトル: N-Benzyl-4-((heteroaryl)methyl)benzamides: A New Class of Direct NADH-Dependent 2-trans Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (InhA) Inhibitors with Antitubercular Activity.
著者: Guardia, A. / Gulten, G. / Fernandez, R. / Gomez, J. / Wang, F. / Convery, M. / Blanco, D. / Martinez, M. / Perez-Herran, E. / Alonso, M. / Ortega, F. / Rullas, J. / Calvo, D. / Mata, L. / ...著者: Guardia, A. / Gulten, G. / Fernandez, R. / Gomez, J. / Wang, F. / Convery, M. / Blanco, D. / Martinez, M. / Perez-Herran, E. / Alonso, M. / Ortega, F. / Rullas, J. / Calvo, D. / Mata, L. / Young, R. / Sacchettini, J.C. / Mendoza-Losana, A. / Remuinan, M. / Ballell Pages, L. / Castro-Pichel, J.
履歴
登録2014年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,61610
ポリマ－114,2194
非ポリマー3,3976
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18480 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area33510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.359, 83.627, 86.037
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / NADH-dependent enoyl-ACP reductase / Enoyl-ACP reductase InhA


分子量: 28554.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: inhA, MTCY277.05, Rv1484 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-713 / N-(2-chloro-4-fluorobenzyl)-4-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl]benzamide


分子量: 371.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19ClFN3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, pH 6.8, 6% v/v DMSO, 16% w/v PEG3350, 0.18 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.196→77.776 Å / Num. all: 55342 / Num. obs: 48167 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 32.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.196→2.28 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 60.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ENY

1eny


解像度: 2.196→45.575 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 2444 5.1 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.193 47941 86.63 %-
all-48167 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.196→45.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7693 0 228 339 8260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08411019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2082957
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.196-2.24070.2988920.26261738X-RAY DIFFRACTION56
2.2407-2.28940.248970.26041948X-RAY DIFFRACTION63
2.2894-2.34260.2898910.24342097X-RAY DIFFRACTION68
2.3426-2.40120.29931280.24772192X-RAY DIFFRACTION71
2.4012-2.46610.2851330.23532282X-RAY DIFFRACTION75
2.4661-2.53870.2911200.23992498X-RAY DIFFRACTION81
2.5387-2.62060.28631300.23162636X-RAY DIFFRACTION86
2.6206-2.71430.23521380.22612773X-RAY DIFFRACTION90
2.7143-2.82290.26531870.21782873X-RAY DIFFRACTION94
2.8229-2.95140.27631680.21642971X-RAY DIFFRACTION97
2.9514-3.1070.27371770.2222996X-RAY DIFFRACTION98
3.107-3.30160.23171640.20793025X-RAY DIFFRACTION98
3.3016-3.55640.20331600.19593054X-RAY DIFFRACTION99
3.5564-3.91410.23991470.1713079X-RAY DIFFRACTION99
3.9141-4.48010.18321870.15223070X-RAY DIFFRACTION100
4.4801-5.64280.16351700.15483103X-RAY DIFFRACTION99
5.6428-45.58490.17721550.16793162X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.0224 Å / Origin y: -3.693 Å / Origin z: 15.5926 Å
111213212223313233
T0.3451 Å20.0206 Å2-0.0099 Å2-0.1424 Å2-0.0252 Å2--0.1938 Å2
L0.6782 °2-0.0093 °2-0.1775 °2-1.143 °2-0.033 °2--0.5889 °2
S-0.0026 Å °0.1692 Å °-0.0683 Å °-0.4298 Å °-0.0379 Å °0.0396 Å °0.0027 Å °-0.0662 Å °0.0246 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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