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万見
- PDB-4pdk: FadR, Fatty Acid Responsive Transcription Factor from Vibrio chol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pdk
タイトルFadR, Fatty Acid Responsive Transcription Factor from Vibrio cholerae, in Complex with oleoyl-CoA
要素Fatty acid metabolism regulator protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipid biosynthetic process / fatty-acyl-CoA binding / regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VV / Fatty acid metabolism regulator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shi, W. / Kull, F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI072661 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: The 40-residue insertion in Vibrio cholerae FadR facilitates binding of an additional fatty acyl-CoA ligand.
著者: Shi, W. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J.
履歴
登録2014年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Derived calculations
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid metabolism regulator protein
B: Fatty acid metabolism regulator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1976
ポリマ－64,0692
非ポリマー4,1284
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.920, 88.690, 62.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid metabolism regulator protein


分子量: 32034.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: fadR, VC_1900 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KQU8
#2: 化合物
ChemComp-3VV / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) / oleoyl-CoA / オレオイルCoA


分子量: 1031.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68N7O17P3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 17% PEG 3350, 0.23M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.73 Å / Num. obs: 16577 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.63 % / Biso Wilson estimate: 35.03 Å2 / Net I/σ(I): 11.48

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER(phenix.molecular replacement: 1.8.4_1496)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.73 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 1654 9.99 %
Rwork0.2585 14904 -
obs0.2628 16558 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 244.3 Å2 / Biso mean: 73.2325 Å2 / Biso min: 2.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4240 0 268 0 4508
Biso mean--59.13 --
残基数----524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014610
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1486236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.5281724
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2211X-RAY DIFFRACTION14.043TORSIONAL
12B2211X-RAY DIFFRACTION14.043TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.88220.41350.3611226136199
2.8822-2.97490.35041350.31681203133899
2.9749-3.08080.35041340.322712221356100
3.0808-3.20370.39321350.30351213134899
3.2037-3.34880.30351360.28971224136099
3.3488-3.52440.30681370.271212351372100
3.5244-3.74380.30111380.257412351373100
3.7438-4.03060.26571370.250512451382100
4.0306-4.43210.27361380.226312441382100
4.4321-5.0640.29211380.213412481386100
5.064-6.34470.28621440.243412861430100
6.3447-19.730.23641470.21721323147099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9316 Å / Origin y: -20.042 Å / Origin z: -9.1424 Å
111213212223313233
T0.0825 Å2-0.0277 Å20.0138 Å2--0.0094 Å20.0526 Å2---0.0459 Å2
L0.0024 °20.0125 °20.0099 °2-0.0093 °2-0.0109 °2--0.0189 °2
S-0.055 Å °-0.0149 Å °-0.0786 Å °-0.0185 Å °-0.0372 Å °0.0702 Å °0.0071 Å °-0.0537 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 266
2X-RAY DIFFRACTION1allA1267 - 1268
3X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 1268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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