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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oua | ||||||
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タイトル | Coexistent single-crystal structure of latent and active mushroom tyrosinase (abPPO4) mediated by a hexatungstotellurate(VI) | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / type-3 copper protein / tyrosinase / PPO4 / zymogen / tyrosinase maturation / hetero-protein co-crystallization / Anderson-Evans-type polyoxometalate | ||||||
機能・相同性 | di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / COPPER (I) ION / 6-tungstotellurate(VI) / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | St.Mauracher, G. / Molitor, C. / Al-Oweini, R. / Kortz, U. / Rompel, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Latent and active abPPO4 mushroom tyrosinase cocrystallized with hexatungstotellurate(VI) in a single crystal. 著者: Mauracher, S.G. / Molitor, C. / Al-Oweini, R. / Kortz, U. / Rompel, A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of latent isoform PPO4 mushroom (Agaricus bisporus) tyrosinase. 著者: Mauracher, S.G. / Molitor, C. / Al-Oweini, R. / Kortz, U. / Rompel, A. #2: ジャーナル: Phytochemistry / 年: 2014 タイトル: High level protein-purification allows the unambiguous polypeptide determination of latent isoform PPO4 of mushroom tyrosinase. 著者: Mauracher, S.G. / Molitor, C. / Michael, C. / Kragl, M. / Rizzi, A. / Rompel, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43731.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: White edible mushroom 由来: (天然) ![]() 株: strain H97 / ATCC MYA-4626 / FGSC 10389 / 参照: UniProt: K9I869, tyrosinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 63639.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: White edible mushroom 由来: (天然) ![]() 株: strain H97 / ATCC MYA-4626 / FGSC 10389 / 参照: UniProt: K9I869, tyrosinase |
-非ポリマー , 5種, 143分子 ![](data/chem/img/CU1.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/TEW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/TEW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CU1 / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-TRS / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG4000, 1 mM Na6[TeW6O24].22H2O, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single bounce monochromator (22m) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9173 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.76→48.132 Å / Num. all: 28294 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 44.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 1.206 / Net I/σ(I): 6.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.763→48.132 Å / FOM work R set: 0.8407 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.13 Å2 / Biso mean: 42.93 Å2 / Biso min: 18.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.763→48.132 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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