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- PDB-4oba: Co-crystal structure of MDM2 with Inhibitor Compound 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oba
タイトルCo-crystal structure of MDM2 with Inhibitor Compound 4
要素E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードligase/ligase inhibitor / P53 / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / LIGASE-LIGASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / fibroblast activation / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / fibroblast activation / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of protein processing / SUMO transferase activity / response to steroid hormone / response to iron ion / atrioventricular valve morphogenesis / AKT phosphorylates targets in the cytosol / NEDD8 ligase activity / cellular response to peptide hormone stimulus / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum development / positive regulation of muscle cell differentiation / cardiac septum morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / blood vessel development / cellular response to alkaloid / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / SUMOylation of transcription factors / response to magnesium ion / cellular response to UV-C / protein sumoylation / cellular response to estrogen stimulus / blood vessel remodeling / cellular response to actinomycin D / protein localization to nucleus / ribonucleoprotein complex binding / protein autoubiquitination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of heart rate / : / ubiquitin binding / positive regulation of protein export from nucleus / response to cocaine / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / establishment of protein localization / Regulation of RUNX3 expression and activity / cellular response to gamma radiation / Oncogene Induced Senescence / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to growth factor stimulus / response to toxic substance / centriolar satellite / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / disordered domain specific binding / ubiquitin-protein transferase activity / p53 binding / ubiquitin protein ligase activity / endocytic vesicle membrane / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / 5S rRNA binding / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / glutamatergic synapse / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TW / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Huang, X. / Yakowec, P. / Long, A.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Selective and Potent Morpholinone Inhibitors of the MDM2-p53 Protein-Protein Interaction.
著者: Gonzalez, A.Z. / Eksterowicz, J. / Bartberger, M.D. / Beck, H.P. / Canon, J. / Chen, A. / Chow, D. / Duquette, J. / Fox, B.M. / Fu, J. / Huang, X. / Houze, J.B. / Jin, L. / Li, Y. / Li, Z. / ...著者: Gonzalez, A.Z. / Eksterowicz, J. / Bartberger, M.D. / Beck, H.P. / Canon, J. / Chen, A. / Chow, D. / Duquette, J. / Fox, B.M. / Fu, J. / Huang, X. / Houze, J.B. / Jin, L. / Li, Y. / Li, Z. / Ling, Y. / Lo, M.C. / Long, A.M. / McGee, L.R. / McIntosh, J. / McMinn, D.L. / Oliner, J.D. / Osgood, T. / Rew, Y. / Saiki, A.Y. / Shaffer, P. / Wortman, S. / Yakowec, P. / Yan, X. / Ye, Q. / Yu, D. / Zhao, X. / Zhou, J. / Olson, S.H. / Medina, J.C. / Sun, D.
履歴
登録2014年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1746
ポリマ－33,4683
非ポリマー1,7063
水1,31573
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7252
ポリマ－11,1561
非ポリマー5691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7252
ポリマ－11,1561
非ポリマー5691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7252
ポリマ－11,1561
非ポリマー5691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.729, 98.674, 106.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21A-604-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A17 - 501
2112B17 - 501
3112C17 - 501

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 11156.052 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP Residues 17-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00987, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-2TW / [(2R,5R,6R)-4-[(1S)-2-(tert-butylsulfonyl)-1-cyclopropylethyl]-6-(3-chlorophenyl)-5-(4-chlorophenyl)-3-oxomorpholin-2-yl]acetic acid


分子量: 568.509 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31Cl2NO6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6-2.3M Ammonium Sulfate, 0.1M citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 39558 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.213 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.6640.48139010.728199.3
1.66-1.725.80.42139620.8181100
1.72-1.860.32838650.9331100
1.8-1.960.29539601.1791100
1.9-2.0260.21239101.2341100
2.02-2.176.10.16539321.0251100
2.17-2.3960.14839541.4031100
2.39-2.7460.12339871.3141100
2.74-3.455.90.10539961.6951100
3.45-505.60.07540911.601198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ERF

4erf


解像度: 1.602→28.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.394 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3132 1914 4.8 %RANDOM
Rwork0.2883 ---
obs0.2896 39515 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 38.25 Å2 / Biso mean: 19.631 Å2 / Biso min: 6.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.602→28.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2148 0 111 73 2332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0992.0613140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5215258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.53823.25686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9615414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7661511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211636
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A395MEDIUM POSITIONAL0.420.5
2B395MEDIUM POSITIONAL0.390.5
3C395MEDIUM POSITIONAL0.380.5
1A352TIGHT THERMAL1.340.5
2B352TIGHT THERMAL1.730.5
3C352TIGHT THERMAL1.850.5
1A395MEDIUM THERMAL1.762
2B395MEDIUM THERMAL1.812
3C395MEDIUM THERMAL1.762
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 125 -
Rwork0.281 2468 -
all-2593 -
obs--94.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81480.3156-0.0220.4642-0.06690.72390.00690.0162-0.015-0.0194-0.03750.02380.0141-0.06220.03060.00920.00410.00940.012-0.00170.017312.82648.5883-32.6016
20.84240.3459-0.29631.9705-0.45750.82350.0217-0.0232-0.03080.0729-0.0017-0.0330.00250.0162-0.020.0275-0.0057-0.00410.01040.00870.011214.4897-8.5543-15.3697
31.43410.89910.26461.09230.58071.10610.0154-0.096-0.0470.0588-0.0454-0.0308-0.01280.04830.030.03210.00740.00410.02280.00790.024428.680717.4059-3.1696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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