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万見
- PDB-4o91: Crystal Structure of type II inhibitor NG25 bound to TAK1-TAB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o91
タイトルCrystal Structure of type II inhibitor NG25 bound to TAK1-TAB1
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7/TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera / Serine/threonine kinase which acts as an essential component of the MAP kinase signal transduction pathway / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone kinase activity / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway ...histone kinase activity / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / type II transforming growth factor beta receptor binding / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / coronary vasculature development / ATAC complex / cellular response to angiotensin / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / anoikis / aorta development / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MAP kinase kinase kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor 4 signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / p38MAPK cascade / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of cell size / MAP kinase activity / positive regulation of cell cycle / canonical NF-kappaB signal transduction / heart morphogenesis / stress-activated MAPK cascade / protein serine/threonine kinase binding / JNK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lung development / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of T cell cytokine production / receptor tyrosine kinase binding / CLEC7A (Dectin-1) signaling / transcription coactivator binding / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to hypoxia / Ca2+ pathway / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA-binding transcription factor binding / scaffold protein binding / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 7 / : / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 7 / : / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NG2 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Gurbani, D. / Hunter, J.C. / Tan, L. / Westover, K.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of Type II Inhibitors of TGF beta-Activated Kinase 1 (TAK1) and Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase Kinase Kinase 2 (MAP4K2).
著者: Tan, L. / Nomanbhoy, T. / Gurbani, D. / Patricelli, M. / Hunter, J. / Geng, J. / Herhaus, L. / Zhang, J. / Pauls, E. / Ham, Y. / Choi, H.G. / Xie, T. / Deng, X. / Buhrlage, S.J. / Sim, T. / ...著者: Tan, L. / Nomanbhoy, T. / Gurbani, D. / Patricelli, M. / Hunter, J. / Geng, J. / Herhaus, L. / Zhang, J. / Pauls, E. / Ham, Y. / Choi, H.G. / Xie, T. / Deng, X. / Buhrlage, S.J. / Sim, T. / Cohen, P. / Sapkota, G. / Westover, K.D. / Gray, N.S.
履歴
登録2013年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7/TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0012
ポリマ－35,4641
非ポリマー5381
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7/TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
ヘテロ分子

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7/TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
ヘテロ分子

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7/TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
ヘテロ分子

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7/TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0068
ポリマ－141,8554
非ポリマー2,1504
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area52570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.214, 132.905, 145.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7/TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera


分子量: 35463.867 Da / 分子数: 1
断片: KINASE DOMAIN OF TAK1 (UNP O43318 RESIDUES 31-303) AND RESIDUES 468-504 OF TAB1 (UNP Q15750)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K7, MAP3K7 TAK1 TAB1 MAP3K7IP1, TAK1
プラスミド: Plasmid 30115: pFastBac His6 TEV LIC cloning vector (4B)
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
株 (発現宿主): High Five Cells (BTI-TN-5B1-4) clonal isolate derived from the parental Trichop ulsia ni cell line (cabbage looper ovary)
参照: UniProt: O43318, UniProt: Q15750, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-NG2 / N-{4-[(4-ethylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-4-methyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yloxy)benzamide


分子量: 537.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H30F3N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.65-0.75 M sodium citrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris, and 5mM adenosine. Adenosine bound TAK1-TAB1 crystals are backsoaked with inhibitor, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月7日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→98.13 Å / Num. obs: 22365 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIXversion 1.8.4-1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.393→35.254 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.54 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 1121 5.01 %
Rwork0.1771 --
obs0.1786 22365 98.45 %
all-23480 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å2-0 Å20 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.393→35.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 39 111 2480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9983317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.039919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3928-2.50170.32891340.27672499X-RAY DIFFRACTION95
2.5017-2.63350.28981400.23292592X-RAY DIFFRACTION97
2.6335-2.79840.26881380.20852608X-RAY DIFFRACTION98
2.7984-3.01440.24481390.19172664X-RAY DIFFRACTION100
3.0144-3.31760.24311410.19032660X-RAY DIFFRACTION100
3.3176-3.79710.21451390.172687X-RAY DIFFRACTION100
3.7971-4.78210.16231410.14852712X-RAY DIFFRACTION100
4.7821-35.25790.17431490.16722822X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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