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- PDB-4nvp: Structure of the cyclic nucleotide-binding domain of HCN4 channel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nvp
タイトルStructure of the cyclic nucleotide-binding domain of HCN4 channel complexed with 7-CH-cAMP
要素Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cyclic nucleotide binding domain / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel / cytoplasmic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / HCN channel complex / membrane depolarization during SA node cell action potential / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / regulation of SA node cell action potential ...voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / HCN channel complex / membrane depolarization during SA node cell action potential / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / regulation of SA node cell action potential / regulation of membrane depolarization / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / sodium ion import across plasma membrane / blood circulation / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / monoatomic cation transport / voltage-gated potassium channel activity / regulation of cardiac muscle contraction / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / muscle contraction / regulation of heart rate / cellular response to cAMP / regulation of membrane potential / axon / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7CH / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Alfieri, A. / Moroni, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Cyclic Nucleotide Mapping of Hyperpolarization-Activated Cyclic Nucleotide-Gated (HCN) Channels.
著者: Moller, S. / Alfieri, A. / Bertinetti, D. / Aquila, M. / Schwede, F. / Lolicato, M. / Rehmann, H. / Moroni, A. / Herberg, F.W.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8262
ポリマ－24,4981
非ポリマー3281
水66737
1
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3058
ポリマ－97,9924
非ポリマー1,3134
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area39160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.010, 96.010, 50.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-934-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4


分子量: 24498.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCN4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3Q4
#2: 化合物 ChemComp-7CH / (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-(4-amino-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinine-2,7-diol 2-oxide / 7-CH-cAMP / 7-デアザcAMP


分子量: 328.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N4O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: HCN4 521-723 (10 mg mL-1) and 7-CH-cAMP 0.5mM were mixed in a 2:1 ratio with 100 mM TrisCl pH 8.0, 20 % PEG4000 (w/v), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月24日 / 詳細: bending magnet; bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.17 Å / Num. all: 8568 / Num. obs: 8568 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1215 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U11_A

解像度: 2.5→44.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.961 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.604 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27031 406 4.8 %RANDOM
Rwork0.19799 ---
obs0.20117 8141 99.92 %-
all-8148 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 22 37 1720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9812343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7833762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.325204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.17622.85791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.84215318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7571518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8073.983807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7863.979806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.425.9621008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4215.9691009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64.376931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5984.375932
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8146.3491334
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.00330.8041929
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.00130.8041930
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 41 -
Rwork0.285 570 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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