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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nvo | ||||||
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タイトル | Predicting protein conformational response in prospective ligand discovery | ||||||
![]() | Cytochrome c peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Model system / flexibility / dynamic / loop / side-chains / energy penalty / occupancy / Boltzmann weights / flexible docking / ligand binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fischer, M. / Fraser, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Incorporation of protein flexibility and conformational energy penalties in docking screens to improve ligand discovery. 著者: Fischer, M. / Coleman, R.G. / Fraser, J.S. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 812.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 815.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4nvaC ![]() 4nvbC ![]() 4nvcC ![]() 4nvdC ![]() 4nveC ![]() 4nvfC ![]() 4nvgC ![]() 4nvhC ![]() 4nviC ![]() 4nvjC ![]() 4nvkC ![]() 4nvlC ![]() 4nvmC ![]() 4nvnC ![]() 4oq7C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 72-362 / 変異: P190G, W191G, DELETIONS G192-A193 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RM11-1A / 遺伝子: CCP1 CCP CPO YKR066C, SCRG_04081 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-556 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.23 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Compound soaked into crystal grown in equal volume of 500mM MES buffer (pH 6.0) and 25% MPD, vapor diffusion, hanging drop, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU DUAL DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→46.2 Å / Num. all: 44741 / Num. obs: 44741 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.75 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3250 / % possible all: 99.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.241 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.03 Å2 / Biso mean: 21.9076 Å2 / Biso min: 9.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→46.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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