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- PDB-4nvn: Predicting protein conformational response in prospective ligand ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nvn
タイトルPredicting protein conformational response in prospective ligand discovery
要素Cytochrome c peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Model system / flexibility / dynamic / loop / side-chains / energy penalty / occupancy / Boltzmann weights / flexible docking / ligand binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-dihydrobenzo[h][1,6]naphthyridin-4(1H)-one / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Fischer, M. / Fraser, J.S.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2014
タイトル: Incorporation of protein flexibility and conformational energy penalties in docking screens to improve ligand discovery.
著者: Fischer, M. / Coleman, R.G. / Fraser, J.S. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cytochrome c peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0286
ポリマ－32,9291
非ポリマー1,1005
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.000, 73.440, 104.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase


分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 72-362 / 変異: P190G, W191G, DELETIONS G192-A193 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: RM11-1A / 遺伝子: CCP1 CCP CPO YKR066C, SCRG_04081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3LRE1
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-2O1 / 2,3-dihydrobenzo[h][1,6]naphthyridin-4(1H)-one


分子量: 198.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10N2O
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Compound soaked into crystal grown in equal volume of 500mM MES buffer (pH 6.0) and 25% MPD, vapor diffusion, hanging drop, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日
放射モノクロメーター: KOHZU DUAL DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→31.5 Å / Num. all: 66685 / Num. obs: 66685 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.47→1.51 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4587 / % possible all: 93.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_1391精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→31.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9131 / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: RANDOM / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1697 3376 5.06 %
Rwork0.1423 --
obs0.1437 66685 99.16 %
all-66685 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 56.51 Å2 / Biso mean: 19.1532 Å2 / Biso min: 7.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→31.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 73 385 2786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6283792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2561022
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.47-1.49240.26611310.2212405253692
1.4924-1.51470.26581420.212520266296
1.5147-1.53830.24081420.19062567270998
1.5383-1.56360.21421320.165325972729100
1.5636-1.59050.17261340.138726522786100
1.5905-1.61940.17251380.127926252763100
1.6194-1.65060.16181570.125626172774100
1.6506-1.68430.16141380.124926232761100
1.6843-1.72090.16281360.120726412777100
1.7209-1.76090.17351280.123526542782100
1.7609-1.80490.17221250.12126432768100
1.8049-1.85370.16091380.131926232761100
1.8537-1.90830.16951540.13526442798100
1.9083-1.96990.19791440.131826502794100
1.9699-2.04030.13751490.126826272776100
2.0403-2.12190.16391410.130926532794100
2.1219-2.21850.17931450.130226422787100
2.2185-2.33540.161240.135926702794100
2.3354-2.48170.18791440.14126542798100
2.4817-2.67320.15381530.144626682821100
2.6732-2.9420.18371440.15082666281099
2.942-3.36730.16941390.144627032842100
3.3673-4.24080.12981560.134827312887100
4.2408-31.50.18421420.16312834297698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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