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Yorodumi- PDB-4n54: Crystal structure of scyllo-inositol dehydrogenase from Lactobaci... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n54 | ||||||
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Title | Crystal structure of scyllo-inositol dehydrogenase from Lactobacillus casei with bound cofactor NAD(H) and scyllo-inositol | ||||||
Components | Inositol dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / hydrogen bonding / NAD / sugar alcohol dehydrogenases / Rossmann fold / dehydrogenate | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADPH regeneration / Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Lactobacillus casei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Bertwistle, D. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of scyllo-inositol dehydrogenase from Lactobacillus casei with bound cofactor NAD(H) and scyllo-inositol Authors: Bertwistle, D. / Aamudalapalli, H. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4n54.cif.gz | 275.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4n54.ent.gz | 225.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4n54.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4n54_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4n54_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 4n54_validation.xml.gz | 53.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4n54_validation.cif.gz | 71.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/4n54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/4n54 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4kmxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38719.918 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 4-343 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus casei (bacteria) / Strain: BL23 / Gene: idh, iolG, iolG2, LCABL_02220 / Plasmid: pQE-80L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1-Blue References: UniProt: B3W8L4, UniProt: A0A0J9X1Y7*PLUS, Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor #2: Chemical | ChemComp-NAI / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch / pH: 7.5 Details: 0.1 M magnesium chloride, 0.050 M HEPES pH 7.5, 15% w/v PEG400, 0.0125 M Tris-HCl, pH 8.0, MICROBATCH, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97959 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 26, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97959 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→96.255 Å / Num. all: 100263 / Num. obs: 100263 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 32.01 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4KMX Resolution: 2.05→45.606 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.349 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→45.606 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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