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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mrf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the murine cd44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule | ||||||
要素 | CD44 antigen | ||||||
キーワード | Cell adhesion/inhibitor / Link module / Cell receptor / Hyaluronan binding / Cell surface / Cell adhesion-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process ...Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of neutrophil apoptotic process / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cargo receptor activity / wound healing, spreading of cells / epidermal growth factor receptor binding / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / channel regulator activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / lamellipodium membrane / microvillus / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell projection / regulation of cell growth / phosphoprotein binding / Wnt signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection development / cell migration / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / apical plasma membrane / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, L.K. / Finzel, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Fragment-Based Identification of an Inducible Binding Site on Cell Surface Receptor CD44 for the Design of Protein-Carbohydrate Interaction Inhibitors. 著者: Liu, L.K. / Finzel, B.C. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structures of the Cd44-hyaluronan complex provide insight into a fundamental carbohydrate-protein interaction. 著者: Banerji, S. / Wright, A.J. / Noble, M. / Mahoney, D.J. / Campbell, I.D. / Day, A.J. / Jackson, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mrf.cif.gz | 48.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mrf.ent.gz | 32.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mrf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4mrf_validation.pdf.gz | 468 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4mrf_full_validation.pdf.gz | 468.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4mrf_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4mrf_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/4mrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/4mrf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16724.604 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 23-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd44, Cd44 Ly-24, Ly-24 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15379 |
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-非ポリマー , 5種, 64分子
#2: 化合物 | ChemComp-DMS / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-2CK / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG MME 5000, 100 mM MES, 200 mM (NH4)2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→40.8 Å / Num. all: 20312 / Num. obs: 20192 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 22.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 32.19 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2JCP 解像度: 1.55→40.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2215 / WRfactor Rwork: 0.1864 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8846 / SU B: 1.385 / SU ML: 0.052 / SU R Cruickshank DPI: 0.0886 / SU Rfree: 0.0898 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 46.71 Å2 / Biso mean: 13.8573 Å2 / Biso min: 2.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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