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- PDB-4mcc: HinTrmD in complex with N-[4-(AMINOMETHYL)BENZYL]-4-OXO-3,4-DIHYD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mcc
タイトルHinTrmD in complex with N-[4-(AMINOMETHYL)BENZYL]-4-OXO-3,4-DIHYDROTHIENO[2,3-D]PYRIMIDINE-5-CARBOXAMIDE
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / trefoil / TrmD / SAM / SAH / Sinefungin / HMT / Structural Genomics / N/A / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-21X / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Olivier, N.B. / Hill, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Selective Inhibitors of Bacterial t-RNA-(N(1)G37) Methyltransferase (TrmD) That Demonstrate Novel Ordering of the Lid Domain.
著者: Hill, P.J. / Abibi, A. / Albert, R. / Andrews, B. / Gagnon, M.M. / Gao, N. / Grebe, T. / Hajec, L.I. / Huang, J. / Livchak, S. / Lahiri, S.D. / McKinney, D.C. / Thresher, J. / Wang, H. / ...著者: Hill, P.J. / Abibi, A. / Albert, R. / Andrews, B. / Gagnon, M.M. / Gao, N. / Grebe, T. / Hajec, L.I. / Huang, J. / Livchak, S. / Lahiri, S.D. / McKinney, D.C. / Thresher, J. / Wang, H. / Olivier, N. / Buurman, E.T.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7864
ポリマ－55,1572
非ポリマー6292
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.272, 74.272, 119.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 27578.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: ATCC51907 / 遺伝子: HI_0202, trmD / プラスミド: pET system / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P43912, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-21X / N-[4-(aminomethyl)benzyl]-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 314.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14N4O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein at 10 mg/mL in the buffer: 20mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM DTT, 1mM EDTA. mixed 1:1 with well solution containing: 200 mM CaAcetate, 24% PEG 400, 100 mM Sodium ...詳細: Protein at 10 mg/mL in the buffer: 20mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM DTT, 1mM EDTA. mixed 1:1 with well solution containing: 200 mM CaAcetate, 24% PEG 400, 100 mM Sodium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月10日
詳細: Source: 3.3 Undulator (Undulator A) Monochromator Type: Diamond(111) Energy Range 4.7-28 keV Resolution ( E/E) 1 x 10 -4 Flux (photons/sec) 2 x 1012 @12.4 keV Beam Size (HxV) Focused 80 m x 70 m
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→119.135 Å / Num. all: 47060 / Num. obs: 47060 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.95-2.057.50.4621.65154268440.462100
2.05-2.187.60.2952.64913964810.295100
2.18-2.337.60.18844636061060.188100
2.33-2.527.60.135.84327056770.13100
2.52-2.767.60.0858.83992252410.085100
2.76-3.087.60.06211.93586947160.062100
3.08-3.567.50.04415.23156541860.044100
3.56-4.367.40.03419.22640135460.034100
4.36-6.167.50.02922.12065727520.029100
6.16-119.1357.10.02327.11074815110.02398.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SPECデータ収集
PROCESSデータ削減
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9505 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9384 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU R Cruickshank DPI: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 2376 5.07 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.1824 46878 99.96 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.68 Å2 / Biso mean: 36.776 Å2 / Biso min: 16.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.258 Å20 Å20 Å2
2---1.258 Å20 Å2
3---2.516 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.194 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3418 0 44 412 3874
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1234SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes526HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3547HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion447SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4275SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3547HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4805HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.96
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 185 5.38 %
Rwork0.1864 3254 -
all0.1883 3439 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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