PDB-4m6q: Identification of Amides Derived From 1H-Pyrazolo[3,4-b]pyridine-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m6q

タイトル

Identification of Amides Derived From 1H-Pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxylic Acid as Potent Inhibitors of Human Nicotinamide Phosphoribosyltransferase (NAMPT)

要素

Nicotinamide phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.406 Å

データ登録者

Giannetti, A.M. / Zheng, X. / Skelton, N. / Wang, W. / Bravo, B. / Feng, Y. / Gunzner-Toste, J. / Ho, Y. / Hua, R. / Wang, C. ...

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Identification of amides derived from 1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxylic acid as potent inhibitors of human nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT).
著者: Zheng, X. / Bair, K.W. / Bauer, P. / Baumeister, T. / Bowman, K.K. / Buckmelter, A.J. / Caligiuri, M. / Clodfelter, K.H. / Feng, Y. / Han, B. / Ho, Y.C. / Kley, N. / Li, H. / Liang, X. / ...

履歴

登録	2013年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m6q.cif.gz	383.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m6q.ent.gz	313.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/4m6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/4m6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lv9C 4lvaC 4lvbC 4lvdC 4lvfC 4lvgC 4m6pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m6p-d 4kfp-d 4jr5-d 2h3b-d 4o1b-d 4lww-d 2e5d-d 4n9b-d 6b76-1 4o0z-d 3dkj-d 6e68-d 4lvf-d 2e5c-d 5u2m-d 4o18-d 2e5b-d 2g96-d 3g8e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.355, 107.016, 82.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin 分子量: 56942.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-20T / 1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-N-(4-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]sulfonyl}benzyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide 分子量: 672.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₄F₃N₄O₁₀PS
#3: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, 1mM compound, followed by in-situ adduct formation , pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, 1mM compound, followed by in-situ adduct formation , pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, 1mM compound, followed by in-situ adduct formation , pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.999993 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月17日
放射	モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999993 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.406→65.239 Å / Num. all: 40583 / Num. obs: 40096 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.406→2.414 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
B3		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.406→65.239 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	1992	5 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1753	40034	91.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	24.992 Å²	0 Å²	0.5507 Å²
2-	-	11.0624 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.1072 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.406→65.239 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7524	0	118	258	7900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7822
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.839	10619
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.175	2865
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1154
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.406-2.438	0.3296	142	0.2786	2689	X-RAY DIFFRACTION	93
2.438-2.4714	0.2955	124	0.2574	2728	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4714-2.5067	0.3457	145	0.2642	2740	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5067-2.5441	0.2839	137	0.248	2616	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5441-2.5839	0.2869	145	0.2308	2724	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5839-2.6263	0.3219	135	0.2326	2769	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6263-2.6715	0.2841	144	0.223	2632	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6715-2.7201	0.3072	140	0.2193	2702	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7201-2.7724	0.2742	150	0.217	2727	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7724-2.829	0.2955	153	0.2188	2674	X-RAY DIFFRACTION	92
2.829-2.8905	0.2972	125	0.2221	2671	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8905-2.9578	0.2746	141	0.2318	2728	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9578-3.0317	0.2778	132	0.2184	2739	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0317-3.1137	0.3059	149	0.1841	2721	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1137-3.2053	0.2283	139	0.1839	2758	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2053-3.3088	0.2378	143	0.186	2698	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3088-3.4271	0.2721	151	0.1782	2660	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4271-3.5643	0.1951	120	0.1715	2660	X-RAY DIFFRACTION	90
3.5643-3.7265	0.2033	128	0.1561	2595	X-RAY DIFFRACTION	89
3.7265-3.9229	0.1783	145	0.1348	2560	X-RAY DIFFRACTION	89
3.9229-4.1686	0.1382	144	0.1312	2603	X-RAY DIFFRACTION	89
4.1686-4.4904	0.1387	133	0.1161	2512	X-RAY DIFFRACTION	86
4.4904-4.9422	0.1983	140	0.1106	2586	X-RAY DIFFRACTION	89
4.9422-5.657	0.1702	136	0.1323	2689	X-RAY DIFFRACTION	92
5.657-7.1258	0.1696	163	0.1388	2694	X-RAY DIFFRACTION	93
7.1258-65.2634	0.1368	157	0.1356	2696	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.4373 Å / Origin y: 1.0726 Å / Origin z: 22.5569 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0378 Å²	-0.0025 Å²	0.0058 Å²	-	0.0026 Å²	0.0095 Å²	-	-	0.0142 Å²
L	0.157 °²	0.0794 °²	0.0086 °²	-	0.1687 °²	0.021 °²	-	-	0.0879 °²
S	0.0092 Å °	-0.0364 Å °	0.0035 Å °	-0.0361 Å °	-0.0028 Å °	-0.0171 Å °	-0.0166 Å °	0.0553 Å °	-0.0112 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain A or chain B

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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