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- PDB-4l7g: Diethylaminosulfur Trifluoride-Mediated Intramolecular Cyclizatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l7g
タイトルDiethylaminosulfur Trifluoride-Mediated Intramolecular Cyclization of 2-hydroxy-benzylureas to Fused Bicyclic Aminooxazoline Compounds and Evaluation of Their Biochemical Activity Against Beta-Secretase-1 (BACE1)
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Aspartic Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / lysosome / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1W0 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Huestis, M.P. / Liu, W. / Volgraf, M. / Purkey, H. / Wang, W. / Yu, C. / Wu, P. / Smith, D. / Vigers, G. / Dutcher, D. ...Huestis, M.P. / Liu, W. / Volgraf, M. / Purkey, H. / Wang, W. / Yu, C. / Wu, P. / Smith, D. / Vigers, G. / Dutcher, D. / Geck Do, M.K. / Hunt, K.W. / Siu, M.
引用ジャーナル: Tetrahedron Lett. / 年: 2013
タイトル: Diethylaminosulfur Trifluoride-Mediated Intramolecular Cyclization of 2-hydroxycycloalkylureas to Fused Bicyclic Aminooxazoline Compounds and Evaluation of Their Biochemical Activity ...タイトル: Diethylaminosulfur Trifluoride-Mediated Intramolecular Cyclization of 2-hydroxycycloalkylureas to Fused Bicyclic Aminooxazoline Compounds and Evaluation of Their Biochemical Activity Against β-Secretase-1 (BACE-1)
著者: Huestis, M.P. / Liu, W. / Volgraf, M. / Purkey, H. / Yu, C. / Wang, W. / Smith, D. / Vigers, G. / Dutcher, D. / Hunt, K.W. / Siu, M.
履歴
登録2013年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9783
ポリマ－45,6031
非ポリマー3742
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.664, 104.471, 50.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 45603.207 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 57-453 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-1W0 / (3aS,7aR)-7a-[3-(pyrimidin-5-yl)phenyl]-3a,6,7,7a-tetrahydro-4H-pyrano[4,3-d][1,3]oxazol-2-amine / 7aβ-[3-(ピリミジン-5-イル)フェニル]-4,6,7,7aα-テトラヒドロ-3aβH-ピラノ[4,3-d]オキ(以下略)


分子量: 296.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N4O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 12% PEG 3350 and 0.1M NaOAc, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月5日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 76243 / Num. obs: 75939 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 %
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FKN

1fkn


解像度: 1.38→16.633 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1916 3846 5.07 %5% random
Rwork0.1544 ---
all0.1563 76394 --
obs0.1563 75898 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.335 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0081 Å20 Å2-2.0666 Å2
2--1.2089 Å2-0 Å2
3---3.7992 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→16.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2937 0 26 379 3342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1214375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6021156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005569
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.39640.29641610.28492513X-RAY DIFFRACTION94
1.3964-1.41480.24961380.23972686X-RAY DIFFRACTION100
1.4148-1.43420.33411350.2462655X-RAY DIFFRACTION100
1.4342-1.45460.26421570.21792655X-RAY DIFFRACTION100
1.4546-1.47630.24331460.20392689X-RAY DIFFRACTION100
1.4763-1.49940.22121420.17942631X-RAY DIFFRACTION100
1.4994-1.52390.20351430.16072722X-RAY DIFFRACTION100
1.5239-1.55020.22581300.16072680X-RAY DIFFRACTION100
1.5502-1.57840.22091560.15422659X-RAY DIFFRACTION100
1.5784-1.60870.19651390.14412678X-RAY DIFFRACTION100
1.6087-1.64150.18381430.12852662X-RAY DIFFRACTION100
1.6415-1.67720.1531540.12192704X-RAY DIFFRACTION100
1.6772-1.71620.16631410.1192663X-RAY DIFFRACTION100
1.7162-1.7590.18081490.12122666X-RAY DIFFRACTION100
1.759-1.80650.17791240.11652703X-RAY DIFFRACTION100
1.8065-1.85960.17711370.11882679X-RAY DIFFRACTION100
1.8596-1.91960.17091230.12362716X-RAY DIFFRACTION100
1.9196-1.98810.17671610.12562650X-RAY DIFFRACTION100
1.9881-2.06750.16471510.13182687X-RAY DIFFRACTION100
2.0675-2.16140.16161290.13232676X-RAY DIFFRACTION100
2.1614-2.27510.17281520.12862710X-RAY DIFFRACTION100
2.2751-2.41730.19281430.14192654X-RAY DIFFRACTION100
2.4173-2.60320.1831290.15482698X-RAY DIFFRACTION100
2.6032-2.8640.18981380.15942711X-RAY DIFFRACTION100
2.864-3.27570.1951440.16372695X-RAY DIFFRACTION100
3.2757-4.11670.18751390.15752679X-RAY DIFFRACTION99
4.1167-16.63410.20691420.18362531X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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