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Yorodumi- PDB-4klb: Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inh... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4klb | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inhibitor Nequimed176 | ||||||
Components | Cruzipain | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / Protease / Thiol protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.62 Å | ||||||
Authors | Fernandes, W.B. / Montanari, C.A. / Mckerrow, J.H. | ||||||
Citation | Journal: Plos Negl Trop Dis / Year: 2013Title: Non-peptidic Cruzain Inhibitors with Trypanocidal Activity Discovered by Virtual Screening and In Vitro Assay. Authors: Wiggers, H.J. / Rocha, J.R. / Fernandes, W.B. / Sesti-Costa, R. / Carneiro, Z.A. / Cheleski, J. / da Silva, A.B. / Juliano, L. / Cezari, M.H. / Silva, J.S. / McKerrow, J.H. / Montanari, C.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4klb.cif.gz | 396.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4klb.ent.gz | 329.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4klb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4klb_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4klb_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 4klb_validation.xml.gz | 38.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 4klb_validation.cif.gz | 52 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/4klb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/4klb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3kkuS ![]() 4kno S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| 5 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 22715.133 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: CRUZAIN MATURE DOMAIN, UNP residues 123-337 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.5 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.1M Bicine pH 9.0, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11587 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2012 |
| Radiation | Monochromator: Double flat crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.11587 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.62→39.23 Å / Num. all: 48550 / Num. obs: 48282 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rsym value: 0.037 |
| Reflection shell | Resolution: 2.62→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.4 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3KKU Resolution: 2.62→39.226 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7997 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.19 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 144.79 Å2 / Biso mean: 33.8321 Å2 / Biso min: 2.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.62→39.226 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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