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Yorodumi- PDB-4klb: Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inh... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4klb | ||||||
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Title | Crystal Structure of Cruzain in complex with the non-covalent inhibitor Nequimed176 | ||||||
Components | Cruzipain | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / Protease / Thiol protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.62 Å | ||||||
Authors | Fernandes, W.B. / Montanari, C.A. / Mckerrow, J.H. | ||||||
Citation | Journal: Plos Negl Trop Dis / Year: 2013 Title: Non-peptidic Cruzain Inhibitors with Trypanocidal Activity Discovered by Virtual Screening and In Vitro Assay. Authors: Wiggers, H.J. / Rocha, J.R. / Fernandes, W.B. / Sesti-Costa, R. / Carneiro, Z.A. / Cheleski, J. / da Silva, A.B. / Juliano, L. / Cezari, M.H. / Silva, J.S. / McKerrow, J.H. / Montanari, C.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4klb.cif.gz | 396.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4klb.ent.gz | 329.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4klb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4klb_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4klb_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 4klb_validation.xml.gz | 38.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4klb_validation.cif.gz | 52 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/4klb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/4klb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3kkuS 4kno S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22715.133 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: CRUZAIN MATURE DOMAIN, UNP residues 123-337 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi (eukaryote) / Gene: Cruzipain, GenBank M84342.1 / Plasmid: pET21a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)RIL / References: UniProt: P25779, cruzipain #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.1M Bicine pH 9.0, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11587 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2012 |
Radiation | Monochromator: Double flat crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.62→39.23 Å / Num. all: 48550 / Num. obs: 48282 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rsym value: 0.037 |
Reflection shell | Resolution: 2.62→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.4 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3KKU Resolution: 2.62→39.226 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7997 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.79 Å2 / Biso mean: 33.8321 Å2 / Biso min: 2.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.62→39.226 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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