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- PDB-4kin: Crystal structure of mitogen-activated protein kinase 14 (P38-H5)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kin
タイトルCrystal structure of mitogen-activated protein kinase 14 (P38-H5) complex with 5-(2-CHLOROPHENYL)-N-(5-(CYCLOPROPYLCARBAMOYL)-2-METHYLPHENYL)-2-THIOPHENECARBOXAMIDE
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / KINASE / TRANSFERASE / P38 MAP KINASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / DSCAM interactions / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / response to insulin / placenta development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / platelet activation / cellular response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / secretory granule lumen / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1M8 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Sack, J.S. / Tokarski, J.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: The Identification of Novel P38-Alpha Isoform Selective Kinase Inhibitors Having an Unprecedented P38-Alpha Binding Mode
著者: Wrobleski, S.T. / Lin, S. / Murali Dhar, T.G. / Dyckman, A.J. / Li, T. / Pitt, S. / Zhang, R. / Fan, Y. / Doweyko, A.M. / Tokarski, J.S. / Kish, K.F. / Kiefer, S.E. / Sack, J.S. / Newitt, J.A. ...著者: Wrobleski, S.T. / Lin, S. / Murali Dhar, T.G. / Dyckman, A.J. / Li, T. / Pitt, S. / Zhang, R. / Fan, Y. / Doweyko, A.M. / Tokarski, J.S. / Kish, K.F. / Kiefer, S.E. / Sack, J.S. / Newitt, J.A. / Witmer, M.R. / McKinnon, M. / Barrish, J.C. / Dodd, J.H. / Schieven, G.L. / Leftheris, K.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: Mitogen-activated protein kinase 14
C: Mitogen-activated protein kinase 14
D: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,0648
ポリマ－168,4204
非ポリマー1,6444
水15,385854
1
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5162
ポリマ－42,1051
非ポリマー4111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5162
ポリマ－42,1051
非ポリマー4111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5162
ポリマ－42,1051
非ポリマー4111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5162
ポリマ－42,1051
非ポリマー4111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.875, 73.549, 100.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID- ...MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 42105.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MAPK14, MXI2, SAPK2A / 細胞株 (発現宿主): BL21 DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-1M8 / 5-(2-chlorophenyl)-N-[5-(cyclopropylcarbamoyl)-2-methylphenyl]thiophene-2-carboxamide


分子量: 410.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClN2O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化pH: 6
詳細: 1-6% (W/V) PEG-4K 50 MM MES, PH 6.0, 5MM MAGNESIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 102465 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.97→2.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
HKL-2000(DENZO)データ削減
HKL-2000(SCALEPACK)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→28.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9445 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9265 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2173 5134 5.01 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1859 102432 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9652 Å20 Å20.6099 Å2
2---0.8657 Å20 Å2
3----0.0995 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.222 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→28.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10939 0 112 854 11905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111319HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg115378HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3932SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes279HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1700HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11319HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1458SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14014SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 330 5.05 %
Rwork0.1973 6210 -
all0.1996 6540 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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