PDB-4kfb: HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at NNRTI adjacent site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kfb

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at NNRTI adjacent site

要素

P51 RT
REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H, EXORIBONUCLEA P66 RT

キーワード

transferase/transferase inhibitor / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.854 Å

データ登録者

Bauman, J.D. / Patel, D. / Arnold, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Detecting Allosteric Sites of HIV-1 Reverse Transcriptase by X-Ray Crystallographic Fragment Screening.
著者: Bauman, J.D. / Patel, D. / Dharia, C. / Fromer, M.W. / Ahmed, S. / Frenkel, Y. / Vijayan, R.S. / Eck, J.T. / Ho, W.C. / Das, K. / Shatkin, A.J. / Arnold, E.

履歴

登録	2013年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年5月15日	ID: 4I7G
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月17日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kfb.cif.gz	428.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kfb.ent.gz	349.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kfb_validation.pdf.gz	784.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kfb_full_validation.pdf.gz	798 KB	表示
XML形式データ	4kfb_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	4kfb_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/4kfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/4kfb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4iclC 4id5C 4idkC 4ifvC 4ifyC 4ig0C 4ig3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4g1q-d 6x4c-d 6eli-d 2zd1-d 4i2p-d 4ig3-d 4icl-d 6c0o-d 3bgr-d 5vqu-d 6c0n-d 4id5-d 6c0p-d 4idk-d 5vqr-d 6cgf-d 2hny-d 5vqx-d 4ify-d 5vqw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H, EXORIBONUCLEA P66 RT

B: P51 RT

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.408, 73.145, 108.768
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H, EXORIBONUCLEA P66 RT / GAG-POL POLYPROTEIN 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: GAG-POL, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	P51 RT / Gag-Pol polyprotein 分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 RT / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: GAG-POL, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H, EXORIBONUCLEA P66 RT / GAG-POL POLYPROTEIN

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: GAG-POL, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

P51 RT / Gag-Pol polyprotein

分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 RT / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: GAG-POL, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) / 参照: UniProt: P03366

-
非ポリマー , 4種, 671分子

#3: 化合物	ChemComp-1QP / ethyl pyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carboxylate / ピラゾロ[1,5-a]ピリジン-3-カルボン酸エチル分子量: 190.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.918 / 波長: 0.917 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.918	1
2	0.917	1

反射

解像度: 1.854→43.297 Å / Num. obs: 105443 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.79

反射シェル

解像度: 1.85→1.88 Å / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.854→43.297 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	2052	2 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1862	102628	97.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.854→43.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7929	0	82	659	8670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8238
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	11187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.162	3113
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	1203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8539-1.897	0.341	107	0.2856	6050	X-RAY DIFFRACTION	88
1.897-1.9444	0.3136	117	0.2499	6453	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9444-1.997	0.2808	134	0.2259	6430	X-RAY DIFFRACTION	94
1.997-2.0557	0.2547	130	0.2172	6559	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0557-2.1221	0.2546	150	0.2004	6601	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1221-2.1979	0.1996	132	0.1877	6704	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1979-2.2859	0.2043	141	0.1896	6700	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2859-2.39	0.2187	134	0.1905	6811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.516	0.2538	142	0.1959	6836	X-RAY DIFFRACTION	99
2.516-2.6736	0.2241	143	0.1904	6776	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6736-2.88	0.2183	147	0.1875	6811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.88-3.1697	0.2096	156	0.1927	6908	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1697-3.6282	0.2123	138	0.178	6907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6282-4.5703	0.1787	139	0.1584	6977	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5703-43.3083	0.2037	142	0.1796	7053	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6803	-0.0687	-0.4255	0.4083	0.8763	2.6772	0.0832	-0.2546	-0.1381	0.2425	0.0625	0.0927	0.2897	0.0504	-0.0773	0.4359	0.0124	0.0281	0.2746	0.058	0.2652	47.6028	-18.1924	60.0753
2	2.0692	1.0572	0.9365	1.8637	0.3181	2.3113	0.3784	-0.5591	-0.6975	0.4072	0.0943	0.3667	0.3117	-0.5972	-0.132	0.406	-0.0352	0.0439	0.288	0.1094	0.2929	36.6501	-26.8525	38.2366
3	1.5184	-1.1454	1.0269	1.064	-0.6917	0.6513	0.0364	-0.1115	-0.2185	0.0476	0.1105	0.2185	0.0996	-0.1612	-0.0701	0.1687	-0.006	0.0222	0.2062	-0.0126	0.2205	28.3442	-8.4115	14.0143
4	4.0571	0.6655	0.2276	2.7078	0.1542	3.4421	-0.0386	-0.2711	0.044	0.09	0.0595	0.1404	-0.1359	-0.2311	-0.0386	0.1026	0.0313	0.0322	0.2326	0.0045	0.2163	14.0933	9.266	6.8329
5	3.7198	-0.6436	0.5767	3.3998	0.2822	3.3898	-0.0738	0.0814	0.2475	0.2717	-0.0844	-0.137	-0.3353	0.3231	-0.0735	0.2324	-0.0764	-0.0221	0.164	0.0315	0.1707	56.3348	1.6736	36.407
6	5.0766	2.5604	-3.4481	7.818	-3.87	3.0014	0.0285	-0.8006	0.6233	1.6791	-0.577	-0.319	-1.8087	1.2689	-0.1062	0.9624	-0.3184	-0.3795	0.5068	0.1122	0.8468	55.9518	26.6125	33.6258
7	1.5765	-0.9577	1.1239	2.0318	-0.5879	1.4066	-0.2681	0.3572	0.6425	0.4215	-0.1604	-0.6785	-0.5229	0.6432	0.0144	0.5058	-0.2689	-0.1369	0.3876	0.125	0.4787	62.3737	12.6158	34.1772
8	2.0402	0.1005	1.271	1.1418	-0.2061	0.562	-0.1676	0.1149	-0.1308	0.3664	-0.2243	-0.7291	-0.3047	0.7355	0.1499	0.3489	-0.1432	-0.0147	1.0836	0.2515	0.6971	59.4263	20.414	14.4893
9	1.8027	0.2908	2.0232	2.5895	-0.064	3.8872	-0.2044	-0.0081	0.3704	0.2506	-0.0673	-0.0388	-0.3494	0.0228	0.2637	0.1927	-0.0556	0.0608	0.1965	-0.0212	0.1943	32.1082	25.3055	8.5783
10	3.4215	0.066	0.7818	5.2659	-0.5507	1.7754	0.101	0.0849	0.2299	0.1354	-0.259	-0.0443	-0.1686	0.0989	0.13	0.1976	-0.0384	0.0177	0.1774	-0.0055	0.1165	43.1787	10.6658	20.1937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 194 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 195 through 296 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 297 through 473 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 474 through 554 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 105 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 195 through 253 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 254 through 363 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 364 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

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実験情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)