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- PDB-4ke6: Crystal structure D196N mutant of Monoglyceride lipase from Bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ke6
タイトルCrystal structure D196N mutant of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 in complex with 1-rac-lauroyl glycerol
要素Thermostable monoacylglycerol lipase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta hydrolase fold / Monoglyceride Lipase / Monoglycerides
機能・相同性
機能・相同性情報


アシルグリセロールリパーゼ / acylglycerol lipase activity
類似検索 - 分子機能
Esterase/lipase / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl dodecanoate / Thermostable monoacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rengachari, S. / Aschauer, P. / Gruber, K. / Dreveny, I. / Oberer, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Conformational plasticity and ligand binding of bacterial monoacylglycerol lipase.
著者: Rengachari, S. / Aschauer, P. / Schittmayer, M. / Mayer, N. / Gruber, K. / Breinbauer, R. / Birner-Gruenberger, R. / Dreveny, I. / Oberer, M.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable monoacylglycerol lipase
B: Thermostable monoacylglycerol lipase
C: Thermostable monoacylglycerol lipase
D: Thermostable monoacylglycerol lipase
E: Thermostable monoacylglycerol lipase
F: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,10511
ポリマ－177,3586
非ポリマー7475
水55831
1
A: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8342
ポリマ－29,5601
非ポリマー2741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thermostable monoacylglycerol lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5601
ポリマ－29,5601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6782
ポリマ－29,5601
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Thermostable monoacylglycerol lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5601
ポリマ－29,5601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6782
ポリマ－29,5601
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7963
ポリマ－29,5601
非ポリマー2362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.185, 182.878, 248.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Thermostable monoacylglycerol lipase / MGLP


分子量: 29559.623 Da / 分子数: 6 / 変異: D196N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: H-257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: P82597, アシルグリセロールリパーゼ
#2: 化合物 ChemComp-1QW / (2R)-2,3-dihydroxypropyl dodecanoate / 1-Lauroyl-rac-glycerol / (-)-1-モノラウリン


分子量: 274.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O4
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: ~0.9 mM of bMGL(D196N) was mixed with 180 mM 1-(rac)-lauroyl glycerol dissolved in 99% EtOH to achieve a final protein-ligand ratio of 1:5. The protein-ligand mixture was incubated at 4 C for ...詳細: ~0.9 mM of bMGL(D196N) was mixed with 180 mM 1-(rac)-lauroyl glycerol dissolved in 99% EtOH to achieve a final protein-ligand ratio of 1:5. The protein-ligand mixture was incubated at 4 C for 1 hour. Initial crystals were obtained using the Morpheus screen in condition A4. These crystals were used for preparing a seed stock. The optimised crystals were obtained in a drop containing 0.9 mM bMGL(D196N); 56 % v/v MPD, 0.1 M HEPES pH 6.9 and 1:1000 dilution of seed stock in a ratio of 2:2:1 respectively. 1-LG powder was added to these crystallization drops and the crystals were soaked for 8h., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→73.621 Å / Num. all: 42482 / Num. obs: 42482 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.8-2.953.10.4011.90.401187.6
2.95-3.133.80.3032.50.303192.1
3.13-3.354.10.2133.50.213197.8
3.35-3.6140.1611.80.161197.5
3.61-3.9640.1114.70.111197.2
3.96-4.434.10.0749.50.074196.7
4.43-5.114.20.05811.50.058195.8
5.11-6.264.20.079.50.07195.2
6.26-8.854.20.04613.70.046192.7
8.85-73.62140.03415.80.034189.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.4 Å73.62 Å
Translation3.4 Å73.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→61.357 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 2152 5.08 %
Rwork0.1998 --
obs0.2021 42399 93.31 %
all-42401 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.0619 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→61.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11022 0 51 31 11104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3615472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9334144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091991
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.86520.36831450.2782403X-RAY DIFFRACTION88
2.8652-2.93690.36081440.27792422X-RAY DIFFRACTION87
2.9369-3.01630.34071150.26372460X-RAY DIFFRACTION84
3.0163-3.1050.32741720.25662640X-RAY DIFFRACTION96
3.105-3.20520.30861550.23932770X-RAY DIFFRACTION98
3.2052-3.31980.28521380.22312753X-RAY DIFFRACTION97
3.3198-3.45270.25551350.21022740X-RAY DIFFRACTION97
3.4527-3.60980.24361550.20412779X-RAY DIFFRACTION97
3.6098-3.80010.26491340.20462749X-RAY DIFFRACTION97
3.8001-4.03810.23651530.18772753X-RAY DIFFRACTION96
4.0381-4.34990.21171280.17262821X-RAY DIFFRACTION95
4.3499-4.78740.20291550.16222727X-RAY DIFFRACTION96
4.7874-5.47980.19481540.17582733X-RAY DIFFRACTION94
5.4798-6.90250.24881290.20452733X-RAY DIFFRACTION92
6.9025-61.37220.19691400.17852764X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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