温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: ~0.9 mM of bMGL(D196N) was mixed with 180 mM 1-(rac)-lauroyl glycerol dissolved in 99% EtOH to achieve a final protein-ligand ratio of 1:5. The protein-ligand mixture was incubated at 4 C for ...詳細: ~0.9 mM of bMGL(D196N) was mixed with 180 mM 1-(rac)-lauroyl glycerol dissolved in 99% EtOH to achieve a final protein-ligand ratio of 1:5. The protein-ligand mixture was incubated at 4 C for 1 hour. Initial crystals were obtained using the Morpheus screen in condition A4. These crystals were used for preparing a seed stock. The optimised crystals were obtained in a drop containing 0.9 mM bMGL(D196N); 56 % v/v MPD, 0.1 M HEPES pH 6.9 and 1:1000 dilution of seed stock in a ratio of 2:2:1 respectively. 1-LG powder was added to these crystallization drops and the crystals were soaked for 8h., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器
タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月22日 / 詳細: mirrors
放射
モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.8→73.621 Å / Num. all: 42482 / Num. obs: 42482 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Rsym value
Diffraction-ID
% possible all
2.8-2.95
3.1
0.401
1.9
0.401
1
87.6
2.95-3.13
3.8
0.303
2.5
0.303
1
92.1
3.13-3.35
4.1
0.213
3.5
0.213
1
97.8
3.35-3.61
4
0.161
1.8
0.161
1
97.5
3.61-3.96
4
0.111
4.7
0.111
1
97.2
3.96-4.43
4.1
0.074
9.5
0.074
1
96.7
4.43-5.11
4.2
0.058
11.5
0.058
1
95.8
5.11-6.26
4.2
0.07
9.5
0.07
1
95.2
6.26-8.85
4.2
0.046
13.7
0.046
1
92.7
8.85-73.621
4
0.034
15.8
0.034
1
89.2
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
Phasing MR
Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度
最低解像度
Rotation
3.4 Å
73.62 Å
Translation
3.4 Å
73.62 Å
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
MOSFLM
データ削減
SCALA
3.3.21
データスケーリング
PHASER
2.5.2
位相決定
PHENIX
1.8_1069
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
MAR345
データ収集
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→61.357 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2455
2152
5.08 %
Rwork
0.1998
-
-
obs
0.2021
42399
93.31 %
all
-
42401
-
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL