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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kcn | ||||||
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タイトル | Structure of neuronal nitric oxide synthase heme domain in complex with N-(3-(((3-fluorophenethyl)amino)methyl)phenyl)thiophene-2-carboximidamide | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, brain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / nitric oxide synthase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / azurophil granule / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / azurophil granule / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to nitric oxide / nitric oxide metabolic process / postsynaptic specialization, intracellular component / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ion homeostasis / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / calyx of Held / negative regulation of potassium ion transport / behavioral response to cocaine / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of serotonin uptake / regulation of neurogenesis / nitric-oxide synthase (NADPH) / response to vitamin E / sodium channel regulator activity / regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density, intracellular component / negative regulation of insulin secretion / nitric oxide mediated signal transduction / multicellular organismal response to stress / nitric-oxide synthase activity / xenobiotic catabolic process / NADPH binding / arginine catabolic process / striated muscle contraction / regulation of sodium ion transport / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / T-tubule / response to organonitrogen compound / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to epinephrine stimulus / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / photoreceptor inner segment / response to nutrient levels / response to hormone / response to activity / secretory granule / sarcoplasmic reticulum / positive regulation of long-term synaptic potentiation / muscle contraction / establishment of localization in cell / cell periphery / female pregnancy / phosphoprotein binding / response to lead ion / response to nicotine / potassium ion transport / establishment of protein localization / response to organic cyclic compound / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / response to peptide hormone / Z disc / cellular response to mechanical stimulus / response to estrogen / vasodilation / calcium ion transport / calcium-dependent protein binding / FMN binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / ATPase binding / response to heat / scaffold protein binding / nuclear membrane / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / calmodulin binding / response to hypoxia / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / heme binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Potent and Selective Double-Headed Thiophene-2-carboximidamide Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase for the Treatment of Melanoma. 著者: Huang, H. / Li, H. / Yang, S. / Chreifi, G. / Martasek, P. / Roman, L.J. / Meyskens, F.L. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kcn.cif.gz | 361.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kcn.ent.gz | 293.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kcn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4kcn_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4kcn_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4kcn_validation.xml.gz | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4kcn_validation.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/4kcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/4kcn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4kchC 4kciC 4kcjC 4kckC 4kclC 4kcmC 4kcoC 4kcpC 4kcqC 4kcrC 4kcsC 1om4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48812.527 Da / 分子数: 2 / 断片: heme domain (UNP residues 297-718) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nos1, Bnos / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 8種, 410分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ZN / | #8: 化合物 | ChemComp-EDO / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 20-22% PEG3350, 0.1 M MES, 0.14-0.20 M ammonium acetate, 10% ethylene glycol, 5 mM GSH, 30 uM SDS, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月9日 / 詳細: Rh coated flat mirror |
放射 | モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 82346 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 29.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1OM4 解像度: 1.85→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.264 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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