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- PDB-4k9j: Structure of Re(CO)3(4,7-dimethyl-phen)(Thr126His)(Lys122Trp)(His... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k9j
タイトルStructure of Re(CO)3(4,7-dimethyl-phen)(Thr126His)(Lys122Trp)(His83Glu)(Trp48Phe)(Tyr72Phe)(Tyr108Phe)AzCu(II), a Rhenium modified Azurin mutant
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / rhenium
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Chem-REQ / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Takematsu, K. / Williamson, H.R. / Blanco-Rodriguez, A.M. / Sokolova, L. / Nikolovski, P. / Kaiser, J.T. / Towrie, M. / Clark, I.P. / Vlcek Jr, A. / Winkler, J.R. / Gray, H.B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Tryptophan-accelerated electron flow across a protein-protein interface.
著者: Takematsu, K. / Williamson, H. / Blanco-Rodriguez, A.M. / Sokolova, L. / Nikolovski, P. / Kaiser, J.T. / Towrie, M. / Clark, I.P. / Vlcek, A. / Winkler, J.R. / Gray, H.B.
履歴
登録2013年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5173
ポリマ－13,9751
非ポリマー5422
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.391, 93.215, 109.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-364-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Azurin


分子量: 13974.816 Da / 分子数: 1 / 変異: t126H, k122w, h83e,w48f, y72f / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-REQ / (1,10 PHENANTHROLINE)-(TRI-CARBON MONOXIDE) RHENIUM (I)


分子量: 478.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12N2O3Re
詳細: Synthesis described in: Sullivan, B. P.; Meyer, T. J. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1984, 1244-1245. Connick, W. B.; Di Bilio, A. J.; Schaefer, W. P.; Gray, H. B. Acta Crystallogr. C 1999, C55, 913-916
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: protein buffer:40 mM imidazole, 2 mM NaCl. Reservoir: 100 mM imidazole, 100 mM LiNO3, 6.25 mM CuCl2, 27% PEG 4000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月13日 / 詳細: liquid nitrogen-cooled K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35 Å / Num. all: 12166 / Num. obs: 12078 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-2.035.10.961.8199.8
1.79-1.9199.4
1.7-1.79199.5
1.79-1.9199.4
1.9-2.03199.8
2.03-2.19199.7
2.19-2.4199.7
2.4-2.69199.6
2.69-3.1199.1
3.1-3.8199.7
3.8-5.38198.5
5.38-35198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4AZU

4azu


解像度: 1.7→27.346 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 576 4.77 %random
Rwork0.1963 ---
obs0.1982 12064 99.19 %-
all-12166 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数928 0 24 74 1026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7691324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.18324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.8710.34591370.28942809X-RAY DIFFRACTION99
1.871-2.14170.26161480.21882853X-RAY DIFFRACTION99
2.1417-2.69790.25681500.212870X-RAY DIFFRACTION100
2.6979-27.34930.20651410.17252956X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.78450.6211-1.63985.5181.42.8798-0.2915-0.34080.35320.41460.084-0.3093-0.4215-0.03980.20770.25890.005-0.02590.1212-0.00830.2428-10.5748-8.127522.3753
21.72280.33990.06064.11050.19542.4982-0.2633-0.3248-0.09080.39360.1655-0.2746-0.0930.16490.05720.1992-0.0220.02330.0802-0.01560.2876-7.1021-14.593821.2876
33.368-4.4989-0.89137.744-0.96654.8042-0.08160.80250.5041-0.039-0.08420.4348-0.129-0.56770.24430.1615-0.0239-0.0310.18240.00980.2925-18.695-9.405113.6571
46.1758-1.40721.96275.3051-0.33292.64270.07961.22850.4931-1.06310.0583-0.3385-0.8318-0.22080.08360.4011-0.01590.04770.35760.03770.164-6.6513-8.29184.2414
50.34620.64440.78715.6134-0.37242.546-0.03510.6675-0.5004-0.61720.1710.81480.3064-0.6289-0.00180.258-0.0691-0.15330.6319-0.14430.3584-16.8422-14.53373.9381
62.7595-0.77440.34193.040.21992.5441-0.41871.0087-0.8333-0.39130.09190.36310.4089-0.46040.30050.2152-0.05050.0160.2202-0.0630.3305-11.5955-15.777210.2976
74.0473-4.4394-1.41685.38230.0364.7632-0.45340.5887-0.8207-0.2290.3165-0.10950.4402-0.04520.0920.1897-0.01630.01090.2524-0.11030.3464-3.2055-20.58515.7472
80.2015-1.04450.50755.4604-2.72371.4923-0.34480.69830.30820.4239-0.2863-2.0835-0.47320.85090.53990.3813-0.132-0.0010.4150.01460.84037.619-11.298312.1675
94.5863-0.46280.42853.9216-0.30972.591-0.26820.59670.5864-0.26040.1395-0.4113-0.42540.25410.10510.2235-0.05350.01890.15360.03520.2331-6.1673-5.917313.4615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 48 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 49 through 66 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 67 through 75 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 76 through 91 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 92 through 101 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 102 through 107 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 108 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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