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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4k8k
タイトル
Crystal structure of probable sugar kinase protein from Rhizobium etli CFN 42 complexed with 1-(4-methoxyphenyl)-1-cyclopropane and 2-aminoperimidine
要素
sugar kinase
キーワード
TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCHCONSORTIUM / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 111895 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
1.49-1.52
6.8
0.594
5519
0.824
1
99.1
1.52-1.54
6.9
0.513
5480
0.878
1
99.5
1.54-1.57
7
0.435
5486
0.92
1
99.2
1.57-1.61
7
0.384
5558
0.968
1
99.6
1.61-1.64
7
0.349
5523
1.034
1
99.5
1.64-1.68
7
0.307
5545
0.921
1
99.7
1.68-1.72
7
0.283
5544
0.987
1
99.7
1.72-1.77
7
0.228
5532
0.947
1
99.6
1.77-1.82
7
0.194
5563
0.964
1
99.6
1.82-1.88
7.1
0.181
5554
0.991
1
99.7
1.88-1.94
7.1
0.145
5576
0.99
1
99.7
1.94-2.02
7.1
0.126
5589
1.011
1
99.7
2.02-2.11
7.2
0.108
5578
1.009
1
99.9
2.11-2.23
7.2
0.099
5608
1.011
1
100
2.23-2.37
7.3
0.089
5615
1.013
1
100
2.37-2.55
7.3
0.081
5616
1.077
1
100
2.55-2.8
7.2
0.075
5663
1.077
1
100
2.8-3.21
7.2
0.064
5685
1.013
1
100
3.21-4.04
7
0.056
5731
0.937
1
99.7
4.04-50
6.9
0.053
5930
0.969
1
99.4
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
SCALEPACK
データスケーリング
PHASER
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
CBASS
データ収集
HKL-2000
データ削減
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→39.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.2324 / WRfactor Rwork: 0.1871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8097 / SU B: 1.815 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0203 / SU Rfree: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: THE RESIDUAL FLAT DENSITY BETWEEN ILE-307 AND SER-245 IS DUE TO THE TRACE AMOUNTS OF EXOGENOUS ADP OR ITS ANALOGS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2185
5501
5 %
RANDOM
Rwork
0.1806
-
-
-
obs
0.1825
109969
99.69 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK