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- PDB-4k4i: Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k4i
タイトルTernary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP.
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase lambda
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA POLYMERASE / DNA REPAIR / PHOSPHORYL TRANSFER REACTION / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1RY / ACETATE ION / CACODYLATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Vyas, R. / Suo, Z.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the binding and incorporation of nucleotide analogs with L-stereochemistry by human DNA polymerase lambda.
著者: Vyas, R. / Zahurancik, W.J. / Suo, Z.
履歴
登録2013年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase lambda
B: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
E: DNA polymerase lambda
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
I: DNA polymerase lambda
J: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
M: DNA polymerase lambda
N: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
O: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,01851
ポリマ－178,51916
非ポリマー3,49935
水8,629479
1
A: DNA polymerase lambda
B: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,51614
ポリマ－44,6304
非ポリマー88610
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
2
E: DNA polymerase lambda
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,61314
ポリマ－44,6304
非ポリマー98310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
3
I: DNA polymerase lambda
J: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,37611
ポリマ－44,6304
非ポリマー7477
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
4
M: DNA polymerase lambda
N: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
O: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,51312
ポリマ－44,6304
非ポリマー8848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.440, 97.580, 105.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-705-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AEIM

#1: タンパク質
DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa


分子量: 38254.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
DNA鎖 , 3種, 12分子 BFJNCGKODHLP

#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 3390.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 1793.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 5種, 514分子

#5: 化合物
ChemComp-1RY / [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / (-)-FTC三りん酸


分子量: 487.186 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13FN3O12P3S
#6: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→45.03 Å / Num. obs: 95547 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→45.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 6.861 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27444 4788 5 %RANDOM
Rwork0.21228 ---
obs0.21535 90697 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10386 1708 169 479 12742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01812776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7771.83417486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.139325843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.63851319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00222.857497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.78151875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.30815100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023014
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 357 -
Rwork0.277 6598 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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