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万見
- PDB-4jmo: Complexe of ARNO Sec7 domain with the protein-protein interaction... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jmo
タイトルComplexe of ARNO Sec7 domain with the protein-protein interaction inhibitor N-(4-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-4-methoxybenzenesulfonamide
要素Cytohesin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / Nucleotide exchange factor / ARF1 / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Intra-Golgi traffic / regulation of ARF protein signal transduction / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / bicellular tight junction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / endocytosis / growth cone / actin cytoskeleton organization / Golgi membrane ...Intra-Golgi traffic / regulation of ARF protein signal transduction / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / bicellular tight junction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / endocytosis / growth cone / actin cytoskeleton organization / Golgi membrane / lipid binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 ...Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JAF / Cytohesin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hoh, F. / Rouhana, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Fragment-based identification of a locus in the Sec7 domain of Arno for the design of protein-protein interaction inhibitors
著者: Rouhana, J. / Hoh, F. / Estaran, S. / Henriquet, C. / Boublik, Y. / Kerkour, A. / Trouillard, R. / Martinez, J. / Pugniere, M. / Padilla, A. / Chavanieu, A.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Structure summary
改定 1.32014年4月23日Group: Database references
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytohesin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3372
ポリマ－23,0291
非ポリマー3071
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.940, 89.940, 89.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Cytohesin-2 / ARF exchange factor / ARF nucleotide-binding site opener / Protein ARNO / PH / SEC7 and coiled-coil ...ARF exchange factor / ARF nucleotide-binding site opener / Protein ARNO / PH / SEC7 and coiled-coil domain-containing protein 2


分子量: 23029.312 Da / 分子数: 1 / 断片: Sec7 domain, UNP residues 56-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYTH2, ARNO, PSCD2, PSCD2L / プラスミド: pET28-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99418
#2: 化合物 ChemComp-JAF / N-(4-hydroxy-2,6-dimethylphenyl)-4-methoxybenzenesulfonamide


分子量: 307.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17NO4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M MgSO4,Peg5K MME 18%, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.22 Å / Num. obs: 22395 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.085 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JMI

4jmi


解像度: 1.8→40.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.335 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.5 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21021 1148 5.1 %RANDOM
Rwork0.1516 ---
obs0.15471 22395 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.883 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1567 0 21 179 1767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9842202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8363.0043613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1465196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.6424.11885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64615297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1621514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02398
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.01733208
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.392549
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.85153303
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 82 -
Rwork0.211 1579 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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