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- PDB-4jch: OSH4 bound to an electrophilic oxysterol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jch
タイトルOSH4 bound to an electrophilic oxysterol
要素Protein KES1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / oxysterol / sterol binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodelling of PS / Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / sterol transport / maintenance of cell polarity / sphingolipid metabolic process / phosphatidic acid binding / piecemeal microautophagy of the nucleus ...Acyl chain remodelling of PS / Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / sterol transport / maintenance of cell polarity / sphingolipid metabolic process / phosphatidic acid binding / piecemeal microautophagy of the nucleus / oxysterol binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / exocytosis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / endocytosis / Golgi membrane / lipid binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2720 / Porin - #120 / Alpha-Beta Plaits - #3490 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / Porin ...Helix Hairpins - #2720 / Porin - #120 / Alpha-Beta Plaits - #3490 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / Porin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1KG / Oxysterol-binding protein homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Koag, M.C. / Kou, Y.I. / Monzingo, A.F. / Lee, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of OSH4 bound to an electrophilic oxysterol
著者: Koag, M.C. / Kou, Y. / Monzingo, A.F. / Lee, S.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein KES1
B: Protein KES1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4864
ポリマ-99,5402
非ポリマー9452
8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein KES1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2432
ポリマ-49,7701
非ポリマー4731
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Protein KES1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2432
ポリマ-49,7701
非ポリマー4731
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.620, 65.689, 77.939
Angle α, β, γ (deg.)99.17, 100.17, 96.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein KES1 / Oxysterol-binding protein homolog 4


分子量: 49770.098 Da / 分子数: 2 / 断片: OSH4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: KES1, LPI3C, OSH4, P2614, YPL145C / プラスミド: pGEX4t1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35844
#2: 化合物 ChemComp-1KG / (3beta,9beta,22R,25R)-3-hydroxyfurost-5-en-27-yl propanoate


分子量: 472.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C30H48O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12-14 % of PEG 20,000 in 50mM MES (pH 6.5) buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日
放射モノクロメーター: asymmetric cut single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 103310 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.731.90.159194.6
1.73-1.761.90.14195.2
1.76-1.791.90.125195.8
1.79-1.831.90.108195.7
1.83-1.871.90.095195.9
1.87-1.911.90.089196
1.91-1.961.90.075196.1
1.96-2.021.90.066195.8
2.02-2.0720.062196.3
2.07-2.141.90.058196.1
2.14-2.221.90.055196.2
2.22-2.311.90.053196.2
2.31-2.411.90.047196.6
2.41-2.541.90.045196.8
2.54-2.71.90.041197.3
2.7-2.91.90.041197.3
2.9-3.21.90.038196.8
3.2-3.661.90.034193.7
3.66-4.61.80.027191.6
4.6-201.90.024196.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZHY
解像度: 1.7→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 1.909 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21473 5045 5 %RANDOM
Rwork0.18057 ---
obs0.18229 96113 93.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.374 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20.33 Å20.33 Å2
2---1.49 Å20.49 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6884 0 68 448 7400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.027135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0091.9729682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9953.00515433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4395863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.81224.78318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.504151226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0461527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.262.2613461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.262.2613460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1783.3884321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4462.5433674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 315 -
Rwork0.183 6390 -
obs--83.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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