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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j61 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ribonuclease A soaked in 40% Cyclopentanone: One of twelve in MSCS set | ||||||
![]() | Ribonuclease pancreatic | ||||||
![]() | HYDROLASE / Endoribonuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kearney, B.M. / Dechene, M. / Swartz, P.D. / Mattos, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: DRoP: A program for analysis of water structure on protein surfaces 著者: Kearney, B.M. / Roberts, D. / Dechene, M. / Swartz, P.D. / Mattos, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4j5zC ![]() 4j60C ![]() 4j62C ![]() 4j63C ![]() 4j64C ![]() 4j65C ![]() 4j66C ![]() 4j67C ![]() 4j68C ![]() 4j69C ![]() 4j6aC ![]() 1rphS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pancreas / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MFW / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 35% ammonium sulfate, 1.5 M sodium chloride, 35 mg/mL protein in 20 mM sodium phosphate buffer, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月15日 / 詳細: mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.69→50 Å / Num. all: 17106 / Num. obs: 17106 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.349 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RPH 解像度: 1.69→41.675 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.24 Å2 / Biso mean: 23.3661 Å2 / Biso min: 10.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→41.675 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %
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