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- PDB-4izg: Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4izg
タイトルCrystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup) from paracococus denitrificans pd1222 (target nysgrc-012907) with bound cis-4oh-d-proline betaine (product)
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
キーワードISOMERASE / Enolase / Betaine Racemase / Proline Betaine Racemease / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyproline betaine 2-epimerase / amino-acid betaine catabolic process / racemase activity, acting on amino acids and derivatives / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4R-hydroxyproline betaine 2-epimerase / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain ...4R-hydroxyproline betaine 2-epimerase / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4OP / IODIDE ION / 4-hydroxyproline betaine 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / LaFleur, J. / Villigas, G. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / LaFleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Stead, M. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: MBio / 年: 2014
タイトル: Prediction and biochemical demonstration of a catabolic pathway for the osmoprotectant proline betaine.
著者: Kumar, R. / Zhao, S. / Vetting, M.W. / Wood, B.M. / Sakai, A. / Cho, K. / Solbiati, J. / Almo, S.C. / Sweedler, J.V. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Cronan, J.E.
履歴
登録2013年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,83836
ポリマ－83,9692
非ポリマー3,86834
水14,178787
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,351144
ポリマ－335,8788
非ポリマー15,473136
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area48740 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area77880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.463, 117.463, 111.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-857-

HOH

21B-740-

HOH

31B-757-

HOH

詳細biological unit is an octamer

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要素

#1: タンパク質 Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein / ENOLASE


分子量: 41984.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: PD1222 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1B198
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-4OP / (2S,4S)-2-carboxy-4-hydroxy-1,1-dimethylpyrrolidinium / CIS-4OH-D-PROLINE BETAINE / 2β-カルボキシラト-4β-ヒドロキシ-1,1-ジメチルピロリジニウム


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 160.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 787 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.8, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA/DTT); Reservoir (30% Peg300, MES pH 7.0, 200 mM MgCl); Cryoprotection (Reservoir+250 mM trans-4OH-L-Proline Betaine, comes ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.8, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA/DTT); Reservoir (30% Peg300, MES pH 7.0, 200 mM MgCl); Cryoprotection (Reservoir+250 mM trans-4OH-L-Proline Betaine, comes with approx equal molar of iodine during synthesis of trans-4OH-L-Proline Betaine), temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→111.049 Å / Num. all: 85566 / Num. obs: 85566 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.798.30.7731102128122780.77399.8
1.79-1.99.50.541.4111281116900.5499.9
1.9-2.0310.80.3532.1118855109800.35399.9
2.03-2.19120.2373.1123052102540.237100
2.19-2.4130.1714.312325294840.171100
2.4-2.6913.80.1335.411906086130.133100
2.69-3.114.10.0977.210804376510.097100
3.1-3.814.10.06110.99187665050.061100
3.8-5.38140.043157192651290.043100
5.38-117.46313.40.03319.63986729820.03399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→80.696 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8664 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 4275 5 %RANDOM
Rwork0.1653 ---
all0.1668 85473 --
obs0.1668 85473 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.08 Å2 / Biso mean: 16.388 Å2 / Biso min: 3.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→80.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5538 0 54 787 6379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1037821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0332133
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.71930.31641350.240826652800100
1.7193-1.73960.27071210.223126872808100
1.7396-1.76080.24691370.213626592796100
1.7608-1.78310.24121330.210126742807100
1.7831-1.80650.22321310.198626722803100
1.8065-1.83130.21971260.18726732799100
1.8313-1.85740.26261530.18826622815100
1.8574-1.88520.21881520.184726692821100
1.8852-1.91460.21121210.1826852806100
1.9146-1.9460.24471400.176526942834100
1.946-1.97960.20941410.178926752816100
1.9796-2.01560.20741400.168226542794100
2.0156-2.05440.21361750.16626702845100
2.0544-2.09630.21131210.160727222843100
2.0963-2.14190.20371480.166726502798100
2.1419-2.19170.18911570.152526832840100
2.1917-2.24650.21531610.15826792840100
2.2465-2.30730.19521310.154627072838100
2.3073-2.37520.1961360.154526952831100
2.3752-2.45180.19671500.162626972847100
2.4518-2.53950.19461450.16526932838100
2.5395-2.64110.17621300.155727282858100
2.6411-2.76130.19771510.167826992850100
2.7613-2.90690.22281620.169927062868100
2.9069-3.08910.18591330.167327562889100
3.0891-3.32760.18641430.153327402883100
3.3276-3.66250.1641410.148727572898100
3.6625-4.19240.15871460.141427872933100
4.1924-5.28190.15211440.144628132957100
5.2819-80.78680.2011710.18372947311899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18610.08280.17130.22550.05670.15480.0333-0.0558-0.07690.0107-0.0234-0.01260.01-0.029900.05110.0052-0.01410.0592-0.00150.07624.147824.752628.8569
20.19930.00390.1250.0010.00760.14230.0489-0.0421-0.07670.02810.00740.01060.0293-0.03040.14660.0822-0.015-0.03930.11120.04060.035711.301338.129953.1877
30.0828-0.0215-0.02560.10630.02190.0650.0106-0.0176-0.0210.01350.0049-0.05530.00660.01030.01070.04150.013-0.05060.03960.0079-0.014618.526136.841337.9948
40.1587-0.0007-0.08640.25490.21330.21450.0403-0.00260.0369-0.04010.0522-0.1507-0.04240.02890.03530.05450.00250.00460.0616-0.02730.115441.22955.104919.9583
50.03170.02710.07110.41650.11730.17230.03790.06980.043-0.03220.0143-0.0836-0.0103-0.00540.06390.08220.01470.03580.07190.00630.055622.953859.8332-5.6476
60.02640.0068-0.00710.0408-0.02040.01050.0069-0.01080.03420.02070.03120.0054-0.0172-0.0175-00.06860.0031-0.00190.067-0.00850.04414.427761.223910.5263
70.0743-0.055-0.02250.07130.07420.10.0407-0.00680.0049-0.02180.0329-0.1320.01010.01480.02720.05020.00540.02180.0642-0.02240.10836.518750.336111.6458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 130 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 131 through 200 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 369 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 133 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 134 through 194 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 195 through 261 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 262 through 369 )B0

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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