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万見
- PDB-4iqk: Crystal structure of cpd 16 bound to Keap1 Kelch domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iqk
タイトルCrystal structure of cpd 16 bound to Keap1 Kelch domain
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / regulation of autophagy / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IQK / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Silvian, L. / Marcotte, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Small molecules inhibit the interaction of Nrf2 and the Keap1 Kelch domain through a non-covalent mechanism.
著者: Marcotte, D. / Zeng, W. / Hus, J.C. / McKenzie, A. / Hession, C. / Jin, P. / Bergeron, C. / Lugovskoy, A. / Enyedy, I. / Cuervo, H. / Wang, D. / Atmanene, C. / Roecklin, D. / Vecchi, M. / ...著者: Marcotte, D. / Zeng, W. / Hus, J.C. / McKenzie, A. / Hession, C. / Jin, P. / Bergeron, C. / Lugovskoy, A. / Enyedy, I. / Cuervo, H. / Wang, D. / Atmanene, C. / Roecklin, D. / Vecchi, M. / Vivat, V. / Kraemer, J. / Winkler, D. / Hong, V. / Chao, J. / Lukashev, M. / Silvian, L.
履歴
登録2013年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0602
ポリマ－32,5621
非ポリマー4991
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.856, 75.638, 48.341
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 32561.510 Da / 分子数: 1 / 断片: KELCH DOMAIN RESIDUES 321-609 / 変異: E540A, E542A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INRF2, KEAP1, KIAA0132, KLHL19 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-IQK / N,N'-naphthalene-1,4-diylbis(4-methoxybenzenesulfonamide) / Cpd16


分子量: 498.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22N2O6S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 3.5M Na Formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月12日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→19.913 Å / Num. obs: 30805 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.97-2.083.80.8410.71677744720.841100
2.08-2.23.80.5511.11613542890.551100
2.2-2.353.80.3831.51497739750.383100
2.35-2.543.80.2762.41411637390.276100
2.54-2.793.80.1741289133990.17100
2.79-3.113.80.1185.61178531070.118100
3.11-3.63.80.1065.91041227480.106100
3.6-4.413.80.0797.3883423350.079100
4.41-6.233.70.068.7667017960.0699.9
6.23-19.9133.50.0688.832689450.06892.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.5データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→19.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.653 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1787 1549 5 %RANDOM
Rwork0.1533 ---
obs0.1546 30772 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.97 Å2 / Biso mean: 28.3695 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→19.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 0 34 122 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.771.9513102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96234687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3265284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.10622.453106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55215327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7751522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0432.4241139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0442.4231138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9643.6261422
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.15 102 -
Rwork0.096 2131 -
all-2233 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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