PDB-4idk: HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the 428 site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4idk

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the 428 site

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

transferase/transferase inhibitor / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bauman, J.D. / Patel, D. / Arnold, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Detecting Allosteric Sites of HIV-1 Reverse Transcriptase by X-ray Crystallographic Fragment Screening.
著者: Bauman, J.D. / Patel, D. / Dharia, C. / Fromer, M.W. / Ahmed, S. / Frenkel, Y. / Vijayan, R.S. / Eck, J.T. / Ho, W.C. / Das, K. / Shatkin, A.J. / Arnold, E.

履歴

登録	2012年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月17日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4idk.cif.gz	430.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4idk.ent.gz	350.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4idk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4idk_validation.pdf.gz	769.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4idk_full_validation.pdf.gz	782 KB	表示
XML形式データ	4idk_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	4idk_validation.cif.gz	62.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/4idk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/4idk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iclC 4id5C 4ifvC 4ifyC 4ig0C 4ig3C 4kfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c0p-d 4ifv-d 4ig3-d 5cyq-d 4ify-d 6c0o-d 4kfb-d 3bgr-d 2hny-d 4id5-d 6x4c-d 2zd1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.875, 73.072, 108.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

Heterodimer of p66 and p51 subunits

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT / Gag-Pol polyprotein 分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT / Gag-Pol polyprotein

分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

-
非ポリマー , 5種, 669分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-1FE / N-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl)glycinamide / N-(2-オキソ-2,3-ジヒドロ-1H-ベンゾイミダゾ-ル-5-イル)-2-アミノアセトアミド分子量: 206.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀N₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE,AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.917 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月10日

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.917	1
2	1	1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 73564 / Num. obs: 73263 / % possible obs: 99.59 % / Observed criterion σ(F): -3 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.91

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	0.723	1	99.8
2.14-2.18	0.636	1	99.8
2.18-2.22	0.572	1	100
2.22-2.26	0.51	1	99.9
2.26-2.31	0.436	1	100
2.31-2.37	0.395	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→42.934 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2246	3447	5.04 %
R_work	0.1817	-	-
obs	0.1839	73105	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.934 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7929	0	108	650	8687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13	11222
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.728	3108
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	1203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1405

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0981-2.1257	0.2937	132	0.2441	2503	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1257-2.1548	0.2705	136	0.2317	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1548-2.1856	0.2637	124	0.2252	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1856-2.2182	0.2959	151	0.2227	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2182-2.2529	0.2498	135	0.2159	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2529-2.2898	0.2564	141	0.2099	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2898-2.3293	0.2462	145	0.2034	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3293-2.3717	0.2468	142	0.1966	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3717-2.4173	0.2883	123	0.203	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4173-2.4666	0.2405	141	0.1916	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4666-2.5202	0.2678	160	0.1882	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5202-2.5789	0.2278	136	0.1876	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5789-2.6433	0.2344	138	0.1872	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6433-2.7148	0.2576	127	0.1874	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7148-2.7947	0.2086	154	0.1902	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7947-2.8849	0.2606	140	0.1877	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8849-2.9879	0.2544	126	0.1928	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9879-3.1075	0.2216	145	0.1926	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1075-3.2489	0.2637	142	0.1919	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2489-3.4202	0.254	143	0.1823	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4202-3.6343	0.2135	167	0.1739	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6343-3.9148	0.1965	151	0.1599	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9148-4.3084	0.1821	135	0.152	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3084-4.9311	0.1944	146	0.1552	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9311-6.2096	0.2106	154	0.1821	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2096-42.943	0.2002	154	0.1795	2763	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8201	-0.0191	0.0136	2.2028	-0.1387	3.0807	0.3186	-0.1023	-0.0472	0.2041	-0.1482	0.2258	-0.1726	-0.0182	-0.2186	0.3928	-0.0421	0.0338	0.2005	0.0049	0.1888	48.3687	-10.6357	65.0783
2	2.1368	0.1027	-0.1331	1.0148	-0.82	2.8807	0.0677	-0.4293	-0.3517	0.1089	-0.1317	-0.165	0.7822	0.0843	-0.1223	0.6541	0.0214	0.0784	0.353	0.0548	0.2964	45.319	-19.5351	74.6875
3	0.3247	-0.0358	0.7617	0.5523	1.1578	2.4135	0.1309	-0.1657	-0.2103	0.3281	0.1081	0.1618	0.667	-0.4899	-0.0595	0.5673	-0.0276	0.0296	0.2928	0.0678	0.3485	39.7099	-17.5529	58.6893
4	-0.2005	0.068	0.5315	0.4344	0.6108	2.0779	0.1992	-0.1289	-0.2263	0.1957	0.11	-0.02	0.3825	0.0214	-0.2402	0.3934	-0.0009	-0.0436	0.2685	0.025	0.3264	49.9003	-24.8854	49.7371
5	1.1429	-0.1008	0.5492	2.4133	-0.7232	2.2935	0.0433	-0.1345	-0.2169	0.1695	0.2346	0.5505	0.1017	-0.4808	-0.0733	0.2132	-0.003	0.0268	0.2486	0.0402	0.3133	29.4229	-19.2343	24.863
6	2.5422	-1.2111	1.1689	1.1255	-0.7107	0.7112	0.0148	-0.0708	-0.0273	0.0158	0.0417	0.0857	0.0761	-0.0713	-0.0043	0.129	-0.0105	0.0227	0.1703	-0.0427	0.1307	23.1651	1.3815	7.0579
7	3.1685	0.2237	0.796	2.1504	0.0306	2.9223	-0.0795	-0.2862	0.0918	0.0513	0.1083	0.2523	-0.1582	-0.3262	-0.0103	0.0972	0.0262	0.036	0.2301	-0.0063	0.1977	14.1009	9.0633	6.8031
8	4.0524	-0.5031	0.8004	4.0783	-0.0223	3.9107	-0.0773	0.0927	0.2708	0.2646	-0.0344	-0.1521	-0.3118	0.3505	-0.0511	0.2098	-0.0613	-0.0206	0.15	0.0365	0.1486	56.3338	1.4875	36.4642
9	1.746	1.5308	-1.145	4.4547	-1.6122	0.8794	0.2271	-0.3601	0.7632	0.9876	-0.5033	0.2765	-1.405	1.6143	0.2398	0.7559	-0.3052	-0.2471	0.5943	0.036	0.7467	55.8863	26.1195	33.4632
10	1.786	-1.1569	1.085	2.2764	-1.2557	1.7123	-0.2679	0.43	0.7583	0.5005	-0.2256	-0.9079	-0.5694	0.8413	0.0744	0.4385	-0.3509	-0.1297	0.4558	0.1548	0.5509	64.3144	13.6391	31.9247
11	3.5424	-0.8872	1.9985	1.3295	-0.741	1.4148	-0.2073	-0.2829	-0.27	0.4633	-0.0886	-0.5802	-0.2542	0.523	0.1954	0.3788	-0.0996	-0.0123	0.7334	0.2077	0.5531	51.2052	20.6347	10.8013
12	2.0337	0.4664	2.366	2.7842	-0.0675	3.6977	-0.2333	-0.0284	0.4777	0.2796	-0.1051	0.0153	-0.4279	-0.0491	0.3127	0.1968	-0.0826	0.0826	0.2152	-0.0169	0.1999	32.2689	25.0009	8.5672
13	2.877	0.0251	0.7425	5.0802	-0.5958	1.6519	0.1351	0.0879	0.2396	0.1847	-0.2605	-0.0917	-0.0945	0.0959	0.123	0.1747	-0.0426	0.0246	0.1843	-0.0001	0.1348	43.1572	10.4386	20.1773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 60 through 96 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 97 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 383 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 384 through 473 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 474 through 554 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 211 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 212 through 253 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 254 through 363 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 364 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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