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- PDB-4idc: Structure of the Fragaria x ananassa enone oxidoreductase in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4idc
タイトルStructure of the Fragaria x ananassa enone oxidoreductase in complex with NADPH and HDMF
要素Ripening-induced protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / medium chain dehydrogenase/reductase family / zinc-independent / Rossmann fold / Enone oxidoreductase / furaneol / hydride transfer / NADPH / NADH / HDMF / 4-hydroxy-2 / 5-dimethyl-3(2H)-furanone
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methylene-furan-3-one reductase / furaneol oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent oxidoreductase AOR-like / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Zinc-binding dehydrogenase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...NADPH-dependent oxidoreductase AOR-like / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Zinc-binding dehydrogenase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-4-hydroxy-2,5-dimethylfuran-3(2H)-one / Chem-NDP / 2-methylene-furan-3-one reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Fragaria vesca (エゾノヘビイチゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Schiefner, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the enzymatic formation of the key strawberry flavor compound 4-hydroxy-2,5-dimethyl-3(2H)-furanone
著者: Schiefner, A. / Sinz, Q. / Neumaier, I. / Schwab, W. / Skerra, A.
履歴
登録2012年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ripening-induced protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4716
ポリマ－35,3771
非ポリマー1,0945
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.241, 70.241, 174.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ripening-induced protein / FAEO


分子量: 35377.387 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 17-336 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fragaria vesca (エゾノヘビイチゴ)
遺伝子: gene28406 / プラスミド: pASK-IBA5plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: O23939

-
非ポリマー , 5種, 505分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-1XX / (2R)-4-hydroxy-2,5-dimethylfuran-3(2H)-one / (+)-フラネオ-ル


分子量: 128.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細NATURAL VARIANT AT THIS POSITION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 21-16% (w/v) PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris/HCl pH 7.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 86971 / Num. obs: 86971 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.89 % / Biso Wilson estimate: 20.382 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.97
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.4-1.50.4150.4963.7512727115973159710.531100
1.5-1.60.2280.2936.49983012307123060.313100
1.6-1.80.1260.17410.8713955117180171800.186100
1.8-20.0660.118.888805811016110160.107100
2-30.0330.05630.5716262521150211490.06100
3-40.0190.03840.1339144527752760.041100
4-60.0140.0342.4620734280128010.032100
6-80.0120.02241.6751907167160.023100
8-100.0090.01941.0818082672660.0299.6
10-300.010.01739.517833082900.01894.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IYZ

1iyz


解像度: 1.4→29.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.1567 / WRfactor Rwork: 0.1359 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9309 / SU B: 1.145 / SU ML: 0.025 / SU R Cruickshank DPI: 0.0404 / SU Rfree: 0.0429 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1596 2628 3 %RANDOM
Rwork0.1391 ---
all0.1398 86971 --
obs0.1398 86971 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.77 Å2 / Biso mean: 17.0414 Å2 / Biso min: 6.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 70 500 2975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0152.0233562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8733.0015885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7165339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.57525.11686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.83715424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.037156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02503
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 176 -
Rwork0.22 6118 -
all-6294 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.173312.35937.601217.28375.9388.77650.6949-1.3994-0.10010.7416-0.66490.54410.8527-0.5473-0.030.31130.03150.03740.36750.09320.2662-35.46757.150228.9326
20.8617-0.19320.16141.3001-0.27141.30120.0055-0.1027-0.00970.0340.00330.033-0.00380.0327-0.00870.01560.0005-0.00510.08220.01390.0061-30.85518.753811.458
32.24710.16660.68351.20910.18042.05440.00370.2218-0.1198-0.18150.0305-0.10280.10450.2629-0.03420.09790.0187-0.00570.0976-0.02270.0221-29.715713.1525-16.6099
40.7859-0.27350.52421.11750.00512.6460.00110.12560.0173-0.19390.0192-0.0327-0.11840.0839-0.02030.0696-0.001-0.02050.0751-0.01020.0251-36.69519.9588-14.1759
59.64831.8812-3.964918.8799-1.40178.7221-0.12880.3256-0.4696-0.53680.07890.4120.5499-0.29840.04980.13790.0128-0.05490.081-0.010.1017-33.58690.3317-4.8287
61.06370.18420.31461.7934-0.01151.80580.03230.0449-0.0281-0.0833-0.0324-0.13320.04460.30480.00020.02040.01810.0030.14170.01350.0373-18.400515.42372.2699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3A150 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4A223 - 279
5X-RAY DIFFRACTION5A280 - 285
6X-RAY DIFFRACTION6A286 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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