PDB-4i9d: X-ray structure of NikA in complex with Fe-N,N'-Bis(2-pyridylmeth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i9d

タイトル

X-ray structure of NikA in complex with Fe-N,N'-Bis(2-pyridylmethyl)-N-carboxymethyl-N'-methyl

要素

Nickel-binding periplasmic protein

キーワード

METAL TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN / PROTEIN-BOUND IRON COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / nickel cation transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cherrier, M.V. / Amara, P. / Iannello, M. / Cavazza, C.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: An artificial oxygenase built from scratch: substrate binding site identified using a docking approach.
著者: Esmieu, C. / Cherrier, M.V. / Amara, P. / Girgenti, E. / Marchi-Delapierre, C. / Oddon, F. / Iannello, M. / Jorge-Robin, A. / Cavazza, C. / Menage, S.

履歴

登録	2012年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i9d.cif.gz	455.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i9d.ent.gz	372.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i9d_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i9d_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4i9d_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	4i9d_validation.cif.gz	85.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zlqS 4dcx 4dcy S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dcx-2 3qim-1 3mvy-1 4dcx-1 4dcy-1 3mvw-1 3mw0-1 1uiv-1 4oet-2 3mvw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nickel-binding periplasmic protein

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.670, 94.730, 124.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nickel-binding periplasmic protein 分子量: 56360.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 遺伝子: b3476, JW3441, nikA / プラスミド: Pet22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33590, EC: 3.6.3.24

-
非ポリマー , 5種, 1247分子

#2: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-L4D / {(S)-N-(2-{methyl[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]amino-kappaN}ethyl)-N-[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]glycinato-kappa~2~N,O}iron(2+) / {N,N'-Bis(2-pyridylmethyl)-N-carboxymethyl-N'-methyl}iron(2+) 分子量: 369.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁FeN₄O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.7 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.27985 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月18日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.27985 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 113057 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.693 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.33

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
1.7-1.8	6.4	0.358	5.84	112764	17608	17608	99.7
1.8-1.9	6.6	0.237	8.56	93171	14144	14144	99.8
1.9-2	6.7	0.162	11.99	76997	11432	11432	99.9
2-2.1	6.8	0.119	15.41	64562	9424	9424	99.9
2.1-2.5	7	0.084	20.31	171338	24397	24397	99.9
2.5-3	6.9	0.058	26.15	104269	15063	15063	99.9
3-4	7	0.042	35.12	84967	12057	12057	99.9
4-6	6.8	0.036	41.21	43094	6298	6298	99.8
6-10	6.4	0.035	41.67	13476	2116	2116	98.1
10-50	4.8	0.035	36.5	2484	518	518	79.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZLQ

1zlq

解像度: 1.7→40.94 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8856 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1945	5652	5 %	RANDOM
R_work	0.1524	-	-	-
obs	0.1545	113053	99.68 %	-
all	-	113413	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.419 Å² / k_sol: 0.379 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.28 Å² / B_iso mean: 24.0375 Å² / B_iso min: 7.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1689 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.0582 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.2271 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7899	0	284	1197	9380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	8846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.252	12059
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.165	1293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	1584
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.186	3375

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2506	186	0.2035	3539	3725	99
1.7193-1.7395	0.2565	185	0.1942	3522	3707	100
1.7395-1.7607	0.2744	188	0.1889	3568	3756	100
1.7607-1.783	0.233	185	0.1793	3511	3696	100
1.783-1.8065	0.2404	187	0.1802	3561	3748	100
1.8065-1.8312	0.2272	187	0.1816	3538	3725	100
1.8312-1.8574	0.2272	187	0.1674	3558	3745	100
1.8574-1.8851	0.2132	188	0.1681	3572	3760	100
1.8851-1.9146	0.2142	184	0.1653	3507	3691	100
1.9146-1.9459	0.2006	188	0.1646	3558	3746	100
1.9459-1.9795	0.2221	188	0.1675	3572	3760	100
1.9795-2.0155	0.2185	187	0.1699	3568	3755	100
2.0155-2.0543	0.2168	188	0.1567	3557	3745	100
2.0543-2.0962	0.1916	186	0.1536	3544	3730	100
2.0962-2.1418	0.1991	188	0.1525	3560	3748	100
2.1418-2.1916	0.203	186	0.1547	3552	3738	100
2.1916-2.2464	0.1867	189	0.1528	3591	3780	100
2.2464-2.3071	0.1864	188	0.1535	3571	3759	100
2.3071-2.375	0.2294	190	0.1517	3593	3783	100
2.375-2.4517	0.1954	188	0.1492	3573	3761	100
2.4517-2.5393	0.2092	188	0.159	3584	3772	100
2.5393-2.6409	0.199	190	0.156	3596	3786	100
2.6409-2.7611	0.2107	188	0.1577	3579	3767	100
2.7611-2.9066	0.1927	191	0.1526	3623	3814	100
2.9066-3.0887	0.2037	189	0.1492	3604	3793	100
3.0887-3.327	0.1812	191	0.1463	3619	3810	100
3.327-3.6617	0.1734	192	0.1371	3660	3852	100
3.6617-4.1911	0.1587	192	0.1205	3636	3828	100
4.1911-5.2785	0.1517	194	0.1285	3689	3883	100
5.2785-40.9516	0.1963	194	0.1742	3696	3890	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0852	0.489	-0.0628	1.4326	-0.1408	1.115	-0.0028	-0.0383	-0.0337	-0.0614	-0.0552	0.1182	0.0776	-0.1064	0.0521	0.0892	0.0051	-0.016	0.094	-0.0276	0.115	-14.7735	-12.0006	-40.6326
2	1.8587	1.5177	0.6968	2.7982	0.7574	1.0641	-0.1075	0.2771	-0.0077	-0.4599	0.1648	0.0661	-0.1443	0.0579	-0.0445	0.2044	0.0117	-0.0121	0.1531	-0.0184	0.1146	-10.0327	7.4071	-51.4893
3	0.631	-0.0697	0.1852	0.546	-0.2241	0.5164	-0.0211	-0.0159	0.0555	0.0288	-0.0082	-0.0334	-0.0988	0.0505	0.0246	0.1123	-0.0057	0.0047	0.0937	-0.0176	0.0927	-0.3078	12.4284	-22.4611
4	1.7024	0.0298	0.8359	1.4829	0.4026	4.513	0.0829	0.1732	-0.1221	-0.0811	0.0374	-0.2889	-0.0206	1.0137	-0.1251	0.1521	0.0094	-0.0076	0.2724	-0.0179	0.1836	20.711	7.1172	-15.1435
5	0.9138	0.6191	-0.1844	0.8119	-0.4021	0.4401	-0.0623	0.0833	-0.1432	-0.1194	0.0104	-0.157	0.0681	0.1078	0.058	0.1183	0.0129	0.0151	0.1267	-0.0189	0.1287	7.708	3.5073	-25.6671
6	0.5191	-0.0626	0.0811	1.0806	-0.4939	1.0129	0.0077	0.0103	-0.0941	-0.0512	0.0135	0.0663	0.1017	-0.0673	-0.019	0.1013	-0.0037	0.008	0.0938	-0.0217	0.1121	-7.4252	-0.5117	-24.0073
7	1.7981	-0.0425	0.5419	0.5769	-0.2646	1.4218	-0.0082	0.2879	-0.1739	-0.1341	0.1175	0.2549	0.1516	-0.2176	-0.0986	0.1685	-0.0511	-0.0285	0.2067	-0.0065	0.2208	-40.1251	9.2236	-25.1249
8	0.6475	-0.0634	-0.27	1.4805	-0.1597	0.8327	0.0824	-0.0212	0.0551	0.0941	-0.0521	0.0417	-0.1048	-0.037	-0.0305	0.099	-0.0041	0.0143	0.1295	0.0056	0.0978	-21.7877	27.9966	-17.483

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:164)	A	3 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 165:211)	A	165 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 212:321)	A	212 - 321
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 322:350)	A	322 - 350
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 351:412)	A	351 - 412
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 413:500)	A	413 - 500
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 4:234)	B	4 - 234
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 235:500)	B	235 - 500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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