ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.58→48.491 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.875 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2132 | 2033 | 4.03 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1884 | - | - | - |
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obs | 0.1894 | 50441 | 97.29 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.032 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 62.24 Å2 / Biso mean: 15.7051 Å2 / Biso min: 3.12 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.4008 Å2 | -0 Å2 | 0.7147 Å2 |
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2- | - | -0.8829 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.5179 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→48.491 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2724 | 0 | 94 | 282 | 3100 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.01 | 2937 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.256 | 3974 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.073 | 434 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 512 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.267 | 1079 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.58-1.6168 | 0.2505 | 133 | 0.2371 | 3281 | 3414 | 99 | 1.6168-1.6572 | 0.256 | 138 | 0.2236 | 3280 | 3418 | 99 | 1.6572-1.702 | 0.2546 | 139 | 0.2218 | 3296 | 3435 | 100 | 1.702-1.7521 | 0.2668 | 137 | 0.2107 | 3278 | 3415 | 99 | 1.7521-1.8086 | 0.2281 | 142 | 0.2028 | 3248 | 3390 | 99 | 1.8086-1.8733 | 0.2164 | 133 | 0.1912 | 3297 | 3430 | 99 | 1.8733-1.9483 | 0.2348 | 141 | 0.1943 | 3304 | 3445 | 99 | 1.9483-2.037 | 0.2141 | 128 | 0.1882 | 3262 | 3390 | 99 | 2.037-2.1444 | 0.2117 | 139 | 0.1814 | 3223 | 3362 | 98 | 2.1444-2.2787 | 0.2212 | 142 | 0.1782 | 3261 | 3403 | 98 | 2.2787-2.4546 | 0.2128 | 131 | 0.1769 | 3212 | 3343 | 97 | 2.4546-2.7016 | 0.2016 | 137 | 0.1824 | 3190 | 3327 | 96 | 2.7016-3.0925 | 0.2072 | 129 | 0.1914 | 3144 | 3273 | 95 | 3.0925-3.896 | 0.1824 | 134 | 0.1706 | 3092 | 3226 | 93 | 3.896-48.5134 | 0.2018 | 130 | 0.1853 | 3040 | 3170 | 90 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.5787 | 0.1642 | 0.2372 | 0.3961 | -0.2899 | 0.483 | 0.0747 | -0.2283 | 0.252 | 0.1674 | 0.0178 | 0.1619 | -0.1713 | -0.1191 | 0.3871 | -0.0478 | 0.0723 | 0.0233 | -0.0287 | -0.0307 | -0.0492 | 6.6073 | 13.6531 | 9.904 | 2 | 0.5631 | 0.1549 | 0.0493 | 0.6095 | 0.2141 | 0.4956 | 0.0089 | 0.0342 | -0.0385 | -0.0159 | 0.0348 | -0.0026 | 0.0457 | 0.0231 | -0.0072 | 0.0375 | -0.0013 | -0.0098 | 0.0384 | 0.0034 | 0.0392 | 30.6068 | 20.3487 | -9.388 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resid -10:212 | A-10 - 212 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B and resid -9:206 | B-9 - 206 | | |
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